سید علی حسینی خامنهای در ۲۹ فروردین ۱۳۱۸ هجری شمسی، برابر با ۲۸ صفر ۱۳۵۸ هجری قمری و ۱۹ آوریل ۱۹۳۹ میلادی در شهر مقدس مشهد دیده به جهان گشود.
ایشان فرزند مرحوم حجتالاسلام والمسلمین حاج سید جواد حسینی خامنهای و دومین فرزند خانواده بود. همچون بسیاری از طلاب و عالمان دینی، زندگی مرحوم سید جواد خامنهای بسیار ساده و زاهدانه بود.
آیتالله خامنهای درباره دوران کودکی خود میفرمایند:
«پدرم با اینکه روحانی شناختهشدهای بود، زندگی زاهدانهای داشت. زندگی ما سخت میگذشت. به یاد دارم گاهی شام ما تنها نان و کشمش بود که مادرم فراهم میکرد.»
خانهای که خانواده سید جواد در آن زندگی میکردند در یکی از محلههای فقیرنشین قرار داشت:
«خانه ما حدود شصتوپنج متر بود و تنها یک اتاق و زیرزمینی تاریک داشت. هرگاه مراجعهکنندگان برای دیدار پدرم میآمدند، ما مجبور میشدیم تا پایان دیدار به زیرزمین برویم... سالها بعد، افراد خیّری زمین کوچک کنار خانه را خریدند و توانستیم دو اتاق دیگر به خانه اضافه کنیم.»
پدر ایشان در ۱۶ آذر ۱۲۷۴ هجری شمسی، برابر با ۲۰ جمادیالثانی ۱۳۱۳ هجری قمری، در نجف اشرف متولد شد و در ۱۴ تیر ۱۳۶۵ هجری شمسی دار فانی را وداع گفت. وی از علما و مجتهدان برجسته زمان خود بود و همراه خانوادهاش به تبریز مهاجرت کرد. پس از اتمام دوره سطح، در سال ۱۳۳۶ هجری قمری به مشهد مهاجرت نمود.
در فقه و اصول، از محضر شخصیتهای برجستهای چون حاج آقا حسین قمی، میرزا محمد آقازاده خراسانی (معروف به کفایی)، میرزا مهدی اصفهانی و حاج فاضل خراسانی بهرهمند شد. در حوزه فلسفه نیز نزد آقا بزرگ حکیم مشهدی و شیخ اسدالله یزدی به تحصیل پرداخت.
سپس در سال ۱۳۴۵ هجری قمری به نجف اشرف رفت و از درس بزرگانی همچون میرزا محمدحسین نائینی، سید ابوالحسن اصفهانی و آقا ضیاءالدین عراقی بهره برد و از سوی این سه شخصیت برجسته اجازه اجتهاد دریافت کرد.
پس از آن تصمیم گرفت به ایران بازگردد و تا پایان عمر در مشهد اقامت گزید. علاوه بر تدریس، امامت جماعت مسجد صدیقیهای بازار مشهد ـ معروف به مسجد آذربایجانیها ـ را بر عهده داشت و از امامان جماعت مسجد گوهرشاد نیز بود.
وی علاقه فراوانی به مطالعه و تحقیق داشت. از هممباحثهها و همراهان علمی او میتوان به حاج میرزا حسین اَبایی، حاج سید علیاکبر خویی، حاج میرزا حبیب ملکی و دیگر شخصیتهای علمی اشاره کرد که سالها با آنان به بحث و پژوهش پرداخت. او انسانی پارسا، زاهد و بیاعتنا به امور مادی بود و زندگی ساده و عارفانهای داشت.
پس از پیروزی انقلاب اسلامی نیز، با وجود آنکه فرزندانش مسئولیتهای بلندپایه سیاسی و اجرایی داشتند، همچنان زندگی زاهدانه خود را حفظ کرد. مردم به سبب صفات انسانی و اخلاق نیکویش همواره به او اعتماد داشتند. پیکر ایشان در رواقی پشت ضریح مطهر امام رضا (ع) به خاک سپرده شد. امام خمینی (ره) نیز در پیام تسلیت خود به آیتالله خامنهای، آیتالله سید جواد خامنهای را عالمی پرهیزگار و متعهد توصیف کردند.
بانو میردامادی در سال ۱۲۹۳ هجری شمسی متولد شد و در سال ۱۳۶۸ هجری شمسی دار فانی را وداع گفت. ایشان بانویی مؤمن، پارسا و آشنا با آیات قرآن، احادیث، تاریخ و ادبیات بودند. وی در دوران مبارزات انقلابی علیه رژیم پهلوی، همواره همراه و پشتیبان فرزندان خود ـ بهویژه آیتالله سید علی خامنهای ـ بود.
«مادرم بانویی بسیار خردمند، باسواد و آشنا با شعر و هنر بود. او با حافظ مأنوس بود. البته وقتی میگویم “آشنا”، منظورم این نیست که حافظشناس حرفهای بود، بلکه دیوان حافظ را بسیار میخواند و با آن انس داشت. او کاملاً با قرآن کریم آشنا بود و صدایی بسیار دلنشین و زیبا داشت.»
«در دوران کودکی، همه ما دور مادرم جمع میشدیم و او قرآن کریم را برایمان تلاوت میکرد. قرآن را بسیار شیرین و زیبا میخواند. ما اطراف او مینشستیم و او در مناسبتهای مختلف، آیاتی درباره زندگی پیامبران را تلاوت میکرد. نخستین بار داستانهای حضرت موسی (ع)، حضرت ابراهیم (ع) و برخی دیگر از پیامبران را از مادرم شنیدم. هر زمان که قرآن تلاوت میکرد و نام پیامبران برده میشد، برای ما توضیحاتی نیز بیان میکرد.»
سید علی خامنهای تحصیلات خود را از چهار سالگی آغاز کرد. او به مکتبخانه فرستاده شد و فراگیری قرآن کریم را آغاز نمود. دوران تحصیلات ابتدایی را در نخستین مدرسه اسلامی مشهد، «دارالتعلیم دیانتی»، گذراند. همزمان، نزد چند تن از قاریان برجسته مشهد به آموزش و تلاوت قرآن کریم پرداخت.
هنگامی که در کلاس ششم ابتدایی بود، تحصیلات مقدماتی حوزوی خود را آغاز کرد. علاقه فراوان او به علوم دینی و تشویق والدینش سبب شد که پس از پایان دوره ابتدایی وارد حوزه علمیه شود.
او تحصیلات اسلامی خود را در مدرسه علمیه سلیمانخان ادامه داد و بخشی از دروس مقدماتی را نیز نزد پدر خویش فرا گرفت.
پس از آن به مدرسه نواب رفت و دوره سطح را در آنجا به پایان رساند. همزمان، در دبیرستان نیز تحصیل میکرد و تحصیلات جدید را تا مقطع دوم متوسطه ادامه داد.
وی کتاب «معالمالأصول» را نزد آیتالله سید جلیل حسینی سیستانی و «شرح لمعه» را نزد پدر خویش و میرزا احمد مدرس یزدی فرا گرفت. همچنین کتابهای «رسائل»، «مکاسب» و «کفایه» را نزد پدر خود و آیتالله حاج شیخ هاشم قزوینی به تحصیل پرداخت.
در سال ۱۳۳۴ هجری شمسی، در درس خارج فقه و اصول آیتالله سید محمدهادی میلانی شرکت کرد و از محضر علمی ایشان بهرهمند شد.
او در درس استادان برجسته حوزه علمیه نجف، از جمله آیتالله سید محسن حکیم، سید ابوالقاسم خویی، سید محمود شاهرودی، میرزا باقر زنجانی و میرزا حسن بجنوردی شرکت کرد. با این حال، به دلیل تمایل نداشتن پدرش به اقامت در نجف، به مشهد بازگشت. در مشهد نیز به مدت یک سال دیگر در درسهای آیتالله میلانی حضور یافت.
سپس در سال ۱۳۳۷ هجری شمسی، به سبب علاقه فراوان به ادامه تحصیل، راهی حوزه علمیه قم شد. در همان سال و پیش از سفر به قم، آیتالله محمدهادی میلانی به ایشان اجازه روایت اعطا کرد.
در قم، سید علی خامنهای از محضر شخصیتهای برجستهای همچون آیتالله حاج آقا حسین بروجردی، امام خمینی (ره)، حاج شیخ مرتضی حائری یزدی، سید محمد محقق داماد و علامه طباطبایی بهرهمند شد. ایشان در دوران اقامت خود در قم، بخش زیادی از وقت خویش را صرف تحقیق، مطالعه و تدریس کرد.
در سال ۱۳۴۳ هجری شمسی، به دلیل مشکلات بینایی پدرش، ناچار شد به مشهد بازگردد تا از ایشان مراقبت کند. او بار دیگر در درسهای آیتالله میلانی شرکت کرد و این حضور تا سال ۱۳۴۹ ادامه یافت.
آیتالله خامنهای پس از بازگشت به مشهد، تدریس فقه و اصول در سطوح عالی را بر پایه کتابهایی چون «رسائل»، «مکاسب» و «کفایه» آغاز کرد. افزون بر این، کلاسهای تفسیر قرآن برای عموم مردم برگزار میکرد که شمار زیادی از جوانان، بهویژه دانشجویان، در آن شرکت میکردند.
در کلاسهای تفسیر خود، آیتالله خامنهای مهمترین مبانی اندیشه و فلسفه اسلامی را بر پایه آیات قرآن کریم تدریس میکرد و بر ضرورت مبارزه انقلابی و سرنگونی رژیم طاغوت تأکید فراوان داشت؛ بهگونهای که شرکتکنندگان در این جلسات به این باور میرسیدند که باید حکومتی مبتنی بر اسلام و تعالیم دینی در کشور برپا شود.
یکی از اهداف اصلی ایشان از برگزاری کلاسهای تفسیر، انتقال مفاهیم و اصول انقلاب اسلامی به جامعه بود. ایشان در سال ۱۳۴۷ هجری شمسی تدریس تفسیر در سطوح عالی برای طلاب علوم دینی را آغاز کرد و این جلسات تا سال ۱۳۶۶، پیش از بازداشت و تبعید به ایرانشهر، ادامه داشت. کلاسهای تفسیر ایشان حتی پس از دوران ریاستجمهوری نیز ادامه پیدا کرد.
ایشان از سال ۱۳۶۹ هجری شمسی تدریس درس خارج فقه را آغاز کرد و از آن زمان تاکنون به تدریس مباحثی همچون جهاد، قصاص، مکاسب و نماز مسافر پرداخته است.
آیتالله خامنهای با شعر و ادبیات آشنایی عمیقی داشت و همواره به مطالعه رمانها و آثار داستانی علاقهمند بوده است. ایشان بسیاری از رمانها و آثار برجسته ادبی جهان را مطالعه کرده و به آثار نویسندگان بزرگ، و تاریخ و فرهنگ ملتهای شرق و غرب همچنان علاقه داشت..
وی علاوه بر مطالعه، در زمینه نقد ادبی و سرودن شعر نیز فعالیت داشته و با بسیاری از شاعران، نویسندگان و اندیشمندان در ارتباط بوده است. در دوران اقامت در مشهد، در محافل ادبیای شرکت میکرد که شاعران برجسته در آن حضور داشتند و در آن جلسات به نقد و بررسی اشعار میپرداخت.
آیتالله خامنهای اولین شعر خود را در سال 1334 یا 1335 سرود و در سالهای اخیر از تخلص «امین» استفاده کرده است.مدتها دو دفترچه داشت .در یکی غزل های شاخص و در دیگری تک بیتهای درخشان را می نوشت. مطالعه کتابهای تاریخی نیز بخش مهمی از فعالیتهای علمی ایشان را تشکیل می داد و بر مباحث و موضوعات تاریخ معاصر نیز تسلط داشت..
پدر مادر آیت الله خامنه ای از علمای فاضل و عرب زبان بود و مادر ایشان تا قبل از بلوغ در نجف و در خانه ای پرورش یافت که به عربی تکلم می کردند و لهذا با عربی عامیانه معمول نجف آشنایی داشت.
آیت الله خامنه ای نیز علاقه وافری به زبان عربی داشت و در ین باره می گوید:
عراقی ها برای زیارت به مشهد می آمدند . آنها در صحن امام رضا تجمع می کردند و شعر ها و قصایدی می خواندند .من ساعتهای طولانی می ایستادم و دل به آنها می سپردم و با دقت فراوان به کلمات آنها گوش می دادم.
ایشان در سفر عراق سعی می کرد فقط عربی حرف بزند و به همین خاطر همیشه به دنبال منطقه ای می گشت که کسی در آنجا به فارسی حرف نزند و از کاظمین به بغداد می رفتم تا فقط عربی حرف بزنم.
ایشان ادبیات عرب را تا بالاترین سطح آموخت و به ویژه شیفته کتاب مغنی در نحو و مطول در بلاغت بود.مطول از شیرین ترین درس های ایشان بود و به قول ایشان:
من با موضوعات این بخش زندگی می کردم و روحم از آن مالامال می شد. تا الان هم گاهی برخی از ابیات آن را با خود زمزمه می کنم.
ایشان دانشنامه های بزرگ عربی را در زمینه های تاریخ و تاریخ ادبیات خوانده است و حاشیه ها و ملاحظات خود را در پشت جلد هر کتاب نوشته است.
ولی ادبیات معاصر عرب در مجموعه نتوانسته علاقه ایشان را جلب کند. به قول ایشان:
در قسمت هایی از آن چیزهایی یافته ام که منافی ذائقه عربی و زبان عربی است و به ویژه باید از سبک متاثر از سبک و محتوای ادبیات اروپایی یاد کنم که نه ادبیات عربی است و نه ادبیات اروپایی بلکه چهره مسخ شده ای است که هر طبع سالم و ذوق سلیمی آن را پس می زند.
ایشان در ادامه می گوید:
من آثار نویسندگان و شعرای معاصر مصری، شامی و عراقی را خوانده ام اما گمشده خود را از جمله در سروده های محمد مهدی جواهری شاعر عراقی یافته ام.
انس با قرآن به روزهای کودکی اش باز م گشت.پس از شنیدن قرائت قرآن مادر در روزهای کودکی در سالهای دبستان ، پدر او را به حاج رمضان بنکدار از قاریان مشهدی سپرد و به قدری پیشرفت کرد که استاد گفت: من چیز جدید برای یاد دادن به تو ندارم.
پس از آن شاگرد قرآن ملا عباس شد، بزرگترین قاری مشهد و شاگرد سید محمد عرب زعفرانی موسس علم قرائت در مشهد.در همان سال های دبستان وقتی آیت الله کاشانی به مشهد آمد، قاری مراسم استقبال سید علی خامنه ای بود و در سال 1327 نیز که نه سال داشت دراستقبال از آیت الله نور الدین شیرازی در مزار خواجه اباصلت مشهد قرآن خوانده بود.
-->
ایشان در خاطرات خود می گوید:
برای گوش کردن به صدای قاریان، رادیوی صوت العرب را می گرفتیم. بنده قرآنی دارم که پشت آن نوشته ام امروز مصطفی اسماعیل خواند. امروز علی البنا خواند.رادیو قاهره را به چه زحمتی می گرفت. یکی از آشنایان رفته بود مصر و یکی دو تا نوار آورده بود.
در همین گوش سپاری ها با صدای راغب مصطفی آشنا شد .حدود سال های 46 یا 47 در مشهد دنبال خواندن شیخ مصطفی اسماعیل در رادیو های کشورهای عربی مخصوصا رادیو مصر می گشت.به تدریج سید علی خامنه ای و دوستانش به نوارهای قرائت قرآن دست یافتند و با قاریان جدید نیز آشنا شدند.
بسیاری از دیدگاهها و اندیشههای ایشان در قالب سخنرانیها، پیامها و مصاحبهها، با عناوین گوناگون به صورت کتاب و نرمافزار منتشر شده است. برخی از آثار ایشان نیز به زبانهای مختلف ترجمه شدهاند. همچنین پایاننامهها، رسالهها، مقالات و کتابهای متعددی درباره اندیشهها و مبانی فکری ایشان منتشر شده است. بخشی از سخنرانیها و آثار مکتوب ایشان در دوران رهبری نیز در مجموعهای با عنوان «حدیث ولایت» به چاپ رسیده است.
فضای مذهبی ـ سیاسی حاکم بر خانواده آیتالله خامنهای، ایشان را از همان دوران جوانی برای فعالیتهای سیاسی و دینی آماده کرده بود. نقطه آغاز ورود وی به عرصه مبارزات سیاسی، دیدار با سید مجتبی نواب صفوی (میرلوحی)، مبارز مشهور اسلامی، در مشهد بود؛ زمانی که آیتالله خامنهای هنوز طلبهای جوان بود. به گفته خود ایشان، این دیدار نخستین جرقههای روحیه انقلابی را در وجودش پدید آورد.
نخستین دیدار ایشان با امام خمینی (ره) در سال ۱۳۳۶ هجری شمسی انجام شد و در جریان ماجرای تصویب لایحه انجمنهای ایالتی و ولایتی، با ابعاد سیاسی و مبارزاتی شخصیت امام خمینی (ره) آشنا شد.
آیتالله خامنهای در سال ۱۳۴۱ وارد عرصههای مختلف مبارزه با طاغوت شد. ایشان از نخستین شخصیتهایی بودند که پیش از قیام ۱۵ خرداد ۱۳۴۲ فعالیتهای انقلابی خود را آغاز کردند. در بهمن ۱۳۴۱، پس از برگزاری همهپرسی لایحه انجمنهای ایالتی و ولایتی، آیتالله خامنهای و برادرشان سید محمد مأمور شدند گزارش آیتالله محمدهادی میلانی را به امام خمینی (ره) برسانند. این گزارش درباره واکنش مردم مشهد به آن همهپرسی بود.
در سال ۱۳۴۲، همزمان با نزدیک شدن ماه محرم، امام خمینی (ره) مسئولیت رساندن پیامهایی به آیتالله میلانی، علما، طلاب و گروههای مذهبی خراسان را به ایشان واگذار کردند تا نهضت ادامه یابد و مردم از تبلیغات و جنایات رژیم پهلوی آگاه شوند. امام خمینی (ره) در این پیامها رهنمودهایی ارائه کرده بودند و از علما و روحانیان خواسته بودند که از روز هفتم محرم، وقایع فاجعه مدرسه فیضیه را برای مردم بازگو کنند تا جنایات رژیم پهلوی آشکار شود.
آیتالله خامنهای شخصاً به بیرجند ـ که تحت تأثیر شخصیتهای آگاه و متدین قرار داشت ـ سفر کردند تا اهداف و رهنمودهای امام خمینی (ره) را تحقق بخشند. ایشان در منبرها و جلسات برگزارشده در این شهر، درباره فاجعه مدرسه فیضیه و سلطه اسرائیل بر جوامع اسلامی سخنرانی کردند. پس از این سخنرانیها، در دوازدهم خرداد ۱۳۴۲ که مصادف با هفتم محرم بود، در مشهد دستگیر شدند. پس از آزادی ایشان، آیتالله محمدهادی میلانی به دیدارشان رفتند.
ایشان فعالیتهای سیاسی خود را در جلساتی که در منزل آیتالله میلانی برای ادامه نهضت اسلامی در غیاب امام خمینی (ره) ـ که در حصر خانگی بودند ـ برگزار میشد، پیگیری کردند. اندکی بعد، به حوزه علمیه قم بازگشتند و با همکاری جمعی از فعالان انقلابی، فعالیتهای سیاسی را سازماندهی کردند. این فعالیتها در قالب نشستها و برنامههای تبلیغی و مبارزاتی انجام میشد. ایشان از جمله روحانیانی بودند که در حمایت از آیتالله سید محمود طالقانی، مهدی بازرگان و یدالله سحابی ـ که به دلیل پشتیبانی از امام خمینی (ره) بازداشت شده بودند ـ تلگراف اعتراضی ارسال کردند.
همزمان و با هدایت آیتالله خامنهای، روحانیان خراسانیِ حوزه علمیه قم نامهای به حسنعلی منصور، نخستوزیر وقت، نوشتند و مخالفت خود را با بازداشت امام خمینی (ره) اعلام کردند. از جمله امضاکنندگان این نامه میتوان به خود آیتالله خامنهای، ابوالقاسم خزعلی و محمد آبايی خراسانی اشاره کرد.
سید علی خامنهای در بهمن ۱۳۴۲ ـ که مصادف با ماه مبارک رمضان بود ـ برای ترویج و تبیین اصول نهضت اسلامی به زاهدان در استان سیستان و بلوچستان سفر کردند. سخنرانیهای ایشان در مساجد زاهدان و استقبال گسترده مردم از این سخنرانیها، سبب شد رژیم بار دیگر ایشان را بازداشت کند. ایشان به زندان قزلقلعه ـ که در آن زمان محل نگهداری زندانیان سیاسی بود ـ منتقل شدند. در چهاردهم اسفند ۱۳۴۲، با این شرط که تهران را ترک نکنند، از زندان آزاد شدند. از آن زمان تا پیروزی انقلاب اسلامی، فعالیتهای ایشان همواره تحت مراقبت دائمی مأموران ساواک قرار داشت.
در پاییز سال ۱۳۴۳، آیتالله خامنهای از قم به مشهد بازگشتند و علاوه بر رسیدگی به امور پدر، به فعالیتهای علمی و سیاسی پرداختند. ایشان از جمله روحانیانی بودند که در ۲۹ بهمن ۱۳۴۳ نامهای به دولت وقت ـ دولت امیرعباس هویدا ـ نوشتند و مخالفت خود را با اوضاع نابسامان کشور و تبعید امام خمینی (ره) اعلام کردند. سید علی خامنهای، عبدالرحیم ربانی شیرازی، علی فاضل مشکینی، ابراهیم امینی، مهدی حائری تهرانی، حسینعلی منتظری، احمد آذری قمی، علی قدوسی، اکبر هاشمی رفسنجانی، سید محمد خامنهای و محمدتقی مصباح یزدی، یازده عضو گروهی بودند که با هدف تقویت و اصلاح حوزه علمیه قم و مبارزه با رژیم پهلوی تشکیل شده بود.
مبارزه بر پایه ایدئولوژی و باور استوار بود و همین امر سبب گسترش آن میشد و روحانیت بهعنوان رهبران فکری این مبارزه شناخته میشدند. در این مرحله از مبارزه، آنان به این نتیجه رسیده بودند که بدون تشکیلات و سازماندهی موفق نخواهند شد و وجود یک سازمان میتواند مانع سرکوب نهضت توسط رژیم شود. در دوران تبعید امام خمینی (ره)، این گروه برای ادامه فعالیتهای انقلابی برنامهریزی میکرد. این مجموعه بهعنوان یکی از نخستین تشکیلات مخفی حوزه علمیه قم شناخته میشود. با این حال، فعالیتهای آن در اواخر سال ۱۳۴۵ توسط ساواک کشف شد. پس از این ماجرا، برخی از اعضای گروه بازداشت شدند و برخی دیگر ـ از جمله آیتالله خامنهای ـ تحت تعقیب ساواک قرار گرفتند.
در کنار این گروه، تشکلی با عنوان جامعهٔ مدرسین حوزهٔ علمیهٔ قم نیز تأسیس شد. این نشستها و تصمیماتی که در آنها اتخاذ میشد، فضای حوزهٔ علمیهٔ قم را دگرگون کرد. مجریان این تصمیمات، افرادی غیر از اعضای جامعه بودند؛ روحانیان جوان و پرشور. این فعالیتها فضای محدود و بستهٔ قم را گشود و زمینهٔ تحرک و پویایی بیشتری را در حوزه فراهم ساخت.
در این دوران، آیتالله خامنهای بهصورت مخفیانه به ترجمه و انتشار کتاب «آینده در قلمرو اسلام» مشغول بودند. در این کتاب به دو مسئله مهم اشاره شده بود: فشارهای غرب و تبلیغات کمونیستی. همچنین تصویری از آیندهای اسلامی ارائه میکرد. ساواک مانع انتشار این کتاب شد و افرادی را که برای چاپ آن تلاش میکردند بازداشت کرد، اما موفق به دستگیری آیتالله خامنهای ـ که مترجم کتاب بودند ـ نشد.
پس از بازداشت سید حسن قمی در سال ۱۳۴۶ بهدلیل سخنرانی علیه رژیم در مسجد گوهرشاد، آیتالله خامنهای آیتالله میلانی را به اعتراض نسبت به این بازداشت ترغیب کردند. ساواک بعدها ایشان را در مشهد و در جریان مراسم تشییع آیتالله شیخ مجتبی قزوینی بازداشت کرد. پس از آزادی، دیدارهای خود با زندانیان سیاسی و تلاش برای تقویت فعالیتهای انقلابی را ادامه دادند. آیتالله خامنهای از طریق ارتباط نزدیک با فعالان مبارز در سراسر ایران، به سازماندهی مقاومت، تربیت نیروهای جوان انقلابی و ترویج اندیشه اسلامی بر پایه قرآن، حدیث و نهضت امام خمینی (ره) کمک میکردند. ایشان با ایدئولوژیهای مارکسیستی، لیبرالیستی و مادیگرایانه مخالفت میکردند و با وجود فشارهای رژیم پهلوی، شبکه مبارزاتی انقلاب را گسترش میدادند.
پس از زلزله سال ۱۳۴۷ در جنوب خراسان، ایشان گروهی از روحانیان را برای کمک به زلزلهزدگان و ساماندهی فعالیتهای امدادی به فردوس هدایت کردند. آیتالله خامنهای در طول دو ماه اقامت خود، ارتباط نزدیکی با مردم منطقه برقرار کردند و از طریق جلسات و محافل مذهبی، پیام نهضت اسلامی را گسترش دادند. این فعالیتها موجب نگرانی ساواک شد و در نهایت ایشان ناچار به ترک فردوس شدند. بعدها تلاش ایشان برای سفر به عراق و دیدار با امام خمینی (ره) در نجف توسط ساواک ناکام ماند و تا پیروزی انقلاب اسلامی از خروج ایشان از کشور جلوگیری شد.
علی خامنهای بهدلیل مشارکت در «نشست یازده نفره» به شش ماه زندان محکوم شد. پس از انتشار حکم در روزنامه کیهان، ایشان پس از مشورت با علمای مشهد، از حضور در دادگاه تجدیدنظر خودداری کردند. با وجود فشارهای حکومت، ارتباط نزدیک خود را با روحانیان برجسته انقلابی همچون محمود طالقانی، محمدرضا سعیدی، محمدجواد باهنر، محمدرضا مهدوی کنی، مرتضی مطهری، اکبر هاشمی رفسنجانی و فضلالله محلاتی حفظ کردند. اگرچه محل فعالیت اصلی ایشان مشهد بود، اما بهطور فعال در جلسات انقلابی تهران شرکت میکردند؛ جلساتی که در آنها برای اعزام روحانیان به روستاهای اطراف مشهد برنامهریزی میشد. ایشان تمرکز خود را بر تقویت نهضت اسلامی از طریق فعالیتهای فرهنگی و فکری قرار داده بودند؛ از جمله برگزاری کلاسهای تفسیر، سخنرانیها و جلسات عمومی با هدف افزایش آگاهی دینی مردم. آیتالله خامنهای معتقد بودند که آرمانهای اسلامی تنها از راه رشد فکری و فرهنگی تحقق مییابد. در سال ۱۳۴۸ نیز ایشان نشستهایی با روشنفکران و فعالان اسلامی برگزار کردند تا با نفوذ روزافزون جریانهای سیاسی متمایل به مارکسیسم در دانشگاهها مقابله کنند.
علی خامنهای ارتباط نزدیکی با بسیاری از روشنفکران و مراکز مهم انقلابی ـ اسلامی داشتند و همکاری فعالی با آنان انجام میدادند. ایشان برای ایراد سخنرانی درباره مبارزات اسلامی به مراکز مهم مذهبی و سیاسی تهران، از جمله حسینیه ارشاد و مسجد الجواد، دعوت میشدند. سخنرانیهای ایشان در حسینیه ارشاد در اواخر سال ۱۳۴۸ ـ به دعوت مرتضی مطهری ـ و نیز جلسات سخنرانی در مسجد الجواد که توسط انجمن اسلامی مهندسان برگزار میشد، تأثیر عمیقی در افزایش آگاهی سیاسی و دینی نسل جوان، بهویژه دانشجویان و دانشآموزان دبیرستانی، بر جای گذاشت.
در بهار سال ۱۳۴۹، علی خامنهای مجموعهای از نشستها را با هدف تقویت مبانی فکری و ایدئولوژیک نهضت اسلامی علیه رژیم پهلوی برگزار کردند. ایشان در این جلسات درباره راهبردهای مبارزه بر اساس جهانبینی و ایدئولوژی اسلامی بحث و گفتوگو میکردند. شخصیتهای برجستهای همچون مرتضی مطهری، محمود طالقانی، مهدی بازرگان، اکبر هاشمی رفسنجانی، یدالله سحابی، عباس شیبانی و کاظم سامی در این نشستها حضور داشتند و این مباحث نقش مهمی در تبیین و تکامل مفاهیم مرتبط با ایدئولوژی و جهانبینی اسلامی ایفا کرد.
پس از درگذشت آیتالله محسن حکیم در سال ۱۳۴۹، مسئله انتخاب مرجع تقلید برجسته به یکی از موضوعات مهم جامعه تبدیل شد. علی خامنهای ضمن تجلیل از مقام علمی آیتالله حکیم، بهطور فعال برای معرفی روحالله خمینی بهعنوان مرجع اصلی تقلید تلاش کردند. پس از شهادت محمدرضا سعیدی بهدست ساواک در خرداد ۱۳۴۹، آیتالله خامنهای کوشیدند خشم و اندوه عمومی را در جهت حمایت از امام خمینی (ره) و مخالفت با رژیم هدایت کنند. تلاشهای ایشان موجب شد طلاب و روحانیان به توزیع اعلامیههایی در انتقاد از ساواک و حمایت از نهضت اسلامی بپردازند. در نتیجه، ساواک ایشان را در مشهد بازداشت و در مهر ۱۳۴۹ در زندان لشکر خراسان زندانی کرد.
پس از آزادی، ایشان فعالیتهای انقلابی خود را ادامه دادند. در محرم همان سال، با وجود ممنوعیت ساواک برای سخنرانی عمومی، در هیئت انصارالحسین تهران به ایراد سخنرانی پرداختند. همچنین در سال ۱۳۵۰، به دعوت آیتالله طالقانی، در مسجد هدایت تهران ـ که کانون توجه دانشجویان و جوانان بود ـ جلسات سخنرانی برگزار کردند.
پس از آنکه امام خمینی (ره) جشنهای ۲۵۰۰ ساله شاهنشاهیِ برگزارشده توسط رژیم پهلوی را محکوم و حرام اعلام کردند، ساواک محدودیتها و فشارهای شدیدی را علیه فعالیتهای روحانیان انقلابی اعمال کرد. در نتیجه، علی خامنهای در مرداد ۱۳۵۰ به دفتر ساواک مشهد احضار و مدتی در زندان لشکر خراسان زندانی شدند. پس از آزادی، ایشان فعالیتهای انقلابی خود را ادامه دادند و در همان سال دو بار دیگر نیز بازداشت شدند. نخستین بازداشت در آبان ۱۳۵۰ رخ داد که به یک دوره کوتاه زندان در زندان لشکر خراسان انجامید. دومین بازداشت در ۲۱ آذر ۱۳۵۰ صورت گرفت و ایشان به اتهام اقدام علیه امنیت کشور، به مدت سه ماه زندانی شدند.
پس از آزادی، علی خامنهای فعالیتهای اجتماعی و سیاسی خود را ادامه دادند و بهطور مکرر در جلسات برگزارشده در هیئت انصارالحسین و مسجد نارمک تهران شرکت میکردند و درباره مسائل دینی و سیاسی سخنرانی مینمودند. علاوه بر این، ایشان تدریس تفسیر قرآن را در مدرسه میرزا جعفر، مسجد امام حسن (ع)، مسجد قبله و همچنین در منزل خود در مشهد ادامه دادند. شرکتکنندگان این جلسات را دانشجویان دانشگاهها، دانشآموزان دبیرستانی، طلاب جوان و اقشار مختلف مردم تشکیل میدادند. ایشان در این نشستها، مخاطبان را با مبانی اسلام انقلابی و سیاسی آشنا میکردند. بعدها بسیاری از افراد و شاگردانی که در این جلسات حضور داشتند، در دوران اوج نهضت انقلاب اسلامی در نقاط مختلف کشور نقش فعالی در آگاهیبخشی عمومی ایفا کردند.
مأموران ساواک گزارشهای فراوانی درباره سخنرانیها و کلاسهای ایشان تهیه میکردند. از دیدگاه ساواک، افرادی همچون آیتالله خامنهای در شمار استادان روشنفکر و انقلابی حوزههای علمیه بهشمار میرفتند. ساواک معتقد بود که این شخصیتها تلاش میکنند آگاهی سیاسی و اجتماعی طلاب و روحانیان را افزایش دهند و در عین حال ارتباطی نزدیک با دانشجویان و جوانان برقرار سازند.
در فروردین ۱۳۵۲، علی خامنهای برای ترویج اندیشههای انقلابی به نیشابور سفر کردند. ایشان در مساجد این شهر به تدریس اصول فقه پرداختند و کلاسهایشان هفتهای یکبار در روزهای پنجشنبه برگزار میشد. در خرداد ۱۳۵۲، ساواک مانع ادامه کلاسهای تفسیر ایشان در مسجد امام حسن (ع) و منزلشان شد.
در آذر ۱۳۵۲، آیتالله خامنهای فعالیتهای خود را به مسجد کرامت منتقل کردند؛ جایی که به دعوت بنیانگذار مسجد، امامت جماعت را بر عهده گرفتند و کلاسهای تفسیر خود را ادامه دادند. ایشان این مسجد را به مرکزی برای فعالیتهای دانشجویان و طلاب جوان تبدیل کردند. در واکنش به فعالیتهای گسترده سیاسی ایشان، ساواک مشهد، امامت جماعت آیتالله خامنهای در این مسجد را ممنوع اعلام کرد.
در آبان ۱۳۵۳، علی خامنهای به دعوت محمد مفتح ـ که امام جماعت مسجد جاوید تهران بود و در آن زمان از سخنرانی منع شده بود ـ در این مسجد به ایراد سخنرانی پرداختند. در پی این فعالیتها، ساواک آیتالله مفتح را بازداشت و مسجد جاوید را که به یکی از مراکز مهم فعالیتهای انقلابی تبدیل شده بود، تعطیل کرد.
همچنین ساواک در آذر همان سال منزل آیتالله خامنهای را تفتیش کرد. بنا بر گزارش ساواک، علت این بازرسی سخنان ایشان در یک جلسه خصوصی درباره ضرورت ایجاد تشکیلاتی برای ادامه مبارزه و بهرهگیری از فرصتهای موجود در جهت پیشبرد اهداف نهضت اسلامی در مشهد بود.
سرانجام، آیتالله خامنهای در دی ۱۳۵۳ برای ششمین بار بازداشت شدند. در این نوبت، ایشان به زندان ضد خرابکاری تهران منتقل شدند. آیتالله خامنهای بعدها اظهار داشتند که در این دوران، برخی از سختترین شرایط زندان را تجربه کردهاند. ایشان از ارتباط با دیگران محروم بودند و خانوادهشان نیز از محل نگهداری ایشان اطلاعی نداشتند.
علی خامنهای در دوم شهریور ۱۳۵۴ از زندان آزاد شدند، اما همچنان تحت مراقبت شدید مأموران امنیتی قرار داشتند. ایشان از اقامه نماز جماعت، سخنرانی، تدریس و برگزاری کلاسهای تفسیر ـ حتی در منزل شخصی خود ـ منع شده بودند.
با وجود این محدودیتهای سیاسی و امنیتی، ایشان بهصورت مخفیانه کلاسهای تفسیر و فعالیتهای فکری و انقلابی خود را ادامه دادند. همچنین توزیع کمکهای مالی به روحانیان از سوی امام خمینی (ره) را همچنان پیگیری میکردند.
در اواخر سال ۱۳۵۴ (۱۹۷۶)، علی خامنهای کتاب «اندیشه اسلامی در قرآن» را بهصورت مخفیانه و با نام مستعار «سید علی حسینی» منتشر کردند.
همچنین پس از وقوع سیل در قوچان، ایشان در مدرسه اوزینه این شهر گروهی امدادی تشکیل دادند تا به آسیبدیدگان کمک کرده و خدمات انساندوستانه ارائه کنند.
بر اساس اسناد ساواک، گزارشهایی درباره فعالیتهای علی خامنهای و پدر ایشان در اواخر سال ۱۳۵۵ (۱۹۷۶–۱۹۷۷) وجود دارد که نشان میدهد آنان از روحالله خمینی حمایت کرده و در ترویج نهضت اسلامی نقش فعالی داشتهاند.
در ماه محرم ۱۳۹۶ هجری قمری ـ مصادف با دی ۱۳۵۵ ـ آیتالله خامنهای چندین سخنرانی در انتقاد از رژیم ایراد کردند. همچنین ایشان جلساتی برای دانشجویان و جوانان برگزار میکردند تا درباره وضعیت فکری و فرهنگی جامعه به گفتوگو بپردازند و در گردهماییهای علما و طلاب در تهران نیز حضور فعال داشتند.
پس از درگذشت Ali Shariati در لندن در ۲۹ خرداد ۱۳۵۶، آیتالله خامنهای در مراسم بزرگداشت او شرکت کردند؛ چراکه از دوران جوانی در مشهد، با او و پدرش آشنایی و ارتباط داشتند
پس از شهادت آیتالله سید مصطفی خمینی ـ فرزند ارشد روحالله خمینی ـ در نجف در اول آبان ۱۳۵۶، علی خامنهای به همراه جمعی از فعالان انقلابی، در ششم آبان مراسم بزرگداشتی را در مسجد ملاهاشم برگزار کردند.
همچنین ایشان به همراه چند تن از علمای مشهد، تلگرامی برای امام خمینی در نجف ارسال کرده و این مصیبت را تسلیت گفتند. شهادت آیتالله سید مصطفی خمینی و حوادث پس از آن، آغاز مرحله نهایی نهضت اسلامی بهشمار میرفت؛ مرحلهای که در آن فعالیتهای گسترده و حمایت عمومی از انقلاب شدت بیشتری یافت.
در واکنش به این فعالیتها، رژیم پهلوی با وجود ادعاهای پیشین خود مبنی بر وجود فضای باز سیاسی در جامعه، محدودیتهای شدیدی بر فعالیتهای سیاسی اعمال کرد. در چارچوب این سیاست، شماری از فعالان برجسته تبعید شدند و علی خامنهای نیز در میان آنان قرار داشتند.
کمیسیون امنیت اجتماعی خراسان، ایشان را به سه سال تبعید در ایرانشهر ـ واقع در استان سیستان و بلوچستان ـ محکوم کرد. در ۲۳ آذر ۱۳۵۶، مأموران ساواک به منزل ایشان یورش برده، وی را بازداشت و به ایرانشهر منتقل کردند.
هدف از این اقدام، قطع ارتباط ایشان با مردم و فعالان انقلابی و جلوگیری از ادامه فعالیتها و سخنرانیهای ایشان علیه رژیم بود.
با این حال، علی خامنهای از طریق تعاملات مثبت با جامعه اهلسنتِ روستای اشتَهار، محبوبیت زیادی در میان مردم ایرانشهر به دست آوردند. ایشان با بهرهگیری از این فرصتها، پیام انقلاب را به مردم ساکن در برخی از دورافتادهترین مناطق کشور منتقل میکردند.
سخنرانیهای ایشان در مسجد آلرسول ایرانشهر، همراه با رفتوآمد مکرر علما، طلاب، فعالان انقلابی و اقشار مختلف مردم به منزلشان، موجب شد مأموران امنیتی محدودیتهای بیشتری بر فعالیتهای ایشان اعمال کنند و از دیدار مردم با ایشان جلوگیری نمایند.
پس از کشتار مردم یزد در ۱۹ فروردین ۱۳۵۷ بهدست نیروهای امنیتی رژیم پهلوی، علی خامنهای در نامهای به محمد صدوقی، امام جماعت یزد، این اقدام وحشیانه را محکوم کردند، مردم را به ادامه مبارزه فراخواندند و یاد شهدای این حادثه را گرامی داشتند.
این نامه بعدها بهصورت اعلامیه در سراسر کشور منتشر شد و به یکی از بیانیههای تأثیرگذار در حمایت از نهضت انقلابی تبدیل گردید.
هنگامی که در ۱۱ تیر ۱۳۵۷ سیلی در ایرانشهر رخ داد، علی خامنهای با بهرهگیری از تجربه پیشین خود در سازماندهی عملیات امداد و نجات، هدایت تنها گروه امدادی فعال در شهر را بر عهده گرفتند. ایشان با همکاری روحانیان شهرهای مختلف، از جمله یزد و مشهد، موفق شدند کمکهای مردمی و خیریه را جمعآوری کرده و میان سیلزدگان توزیع کنند.
آیتالله خامنهای در دوران تبعید نیز ارتباط نزدیکی با فعالان برجسته و علمای مناطق مختلف ایران حفظ کردند. ایشان بهطور منظم درباره نهضت اسلامی با آنان مکاتبه داشتند و از این طریق در جریان تحولات و رویدادهای مهم قرار میگرفتند. همچنین از طریق همین نامهنگاریها، در تصمیمگیریهای جمعی علما نیز مشارکت میکردند.
با اوجگیری انقلاب اسلامی در تیر ۱۳۵۷، شماری از روحانیان حوزه علمیه مشهد با ادامه تبعید علی خامنهای مخالفت کردند و خواستار بازگشت ایشان شدند. با توجه به نفوذ روزافزون و فعالیتهای انقلابی ایشان در ایرانشهر، مأموران امنیتی در ۲۲ مرداد ۱۳۵۷ محل تبعید ایشان را به جیرفت در استان کرمان منتقل کردند.
با وجود شرایط سختگیرانهتر در جیرفت، آیتالله خامنهای در مسجد جامع این شهر به سخنرانی علیه رژیم پهلوی ادامه دادند. یکی از سخنرانیهای ایشان در شهریور ۱۳۵۷ موجب شکلگیری تظاهرات مردمی و سر دادن شعارهای انقلابی شد. ایشان همچنین همراه با جمعی از روحانیان، در نامهای به عبدالحسین دستغیب بر ادامه نهضت اسلامی و محکومیت جنایات رژیم تأکید کردند.
آیتالله خامنهای بعدها بهصورت مخفیانه به کهنوج سفر کرده و سخنرانیهای ضد رژیم خود را ادامه دادند.
با شدت گرفتن انقلاب اسلامی و از دست رفتن کنترل رژیم پهلوی بر جنبش روبهرشد مردمی، علی خامنهای در اول مهر ۱۳۵۷ به مشهد بازگشتند. ایشان در آنجا به سازماندهی فعالیتهای انقلابی و تقویت مبارزه علیه رژیم ادامه دادند.
در دوران اقامت روحالله خمینی در فرانسه، علی خامنهای به همراه چند تن از روحانیان انقلابی مشهد، تلگرامی برای ایشان ارسال کردند و حضور امام خمینی در فرانسه را مایه امید، استقامت و الهامبخش مردم ایران دانستند.
آنان در این تلگرام از امام خمینی درخواست کردند که رهنمودهای لازم را برای ادامه مبارزه علیه رژیم و فراهمسازی زمینه بازگشت ایشان به ایران صادر کنند.
در مدت کوتاهی، فعالیتهای انقلابی علی خامنهای در مشهد بهطور چشمگیری گسترش یافت. ایشان علاوه بر سازماندهی راهپیماییها و تظاهرات مردمی، سخنرانیهایی علیه رژیم پهلوی ایراد میکردند و ارتباط نزدیکی با بیت روحالله خمینی و دیگر فعالان انقلابی داشتند.
در نتیجه این ارتباطات، احمد خمینی در ۱۰ آبان ۱۳۵۷ از پاریس با محمد صدوقی تماس گرفت و تمایل امام خمینی (ره) را برای دیدار با او و آیتالله خامنهای اعلام کرد.
علی خامنهای از جمله روحانیانی بودند که در ورزشگاه سعدآباد مشهد برای قشرهای فرهنگی سخنرانی کردند و خواستار بازگشت روحالله خمینی و تشکیل حکومت اسلامی شدند.
در روزهای پایانی آبان ۱۳۵۷، ایشان به همراه عبدالکریم هاشمینژاد به قوچان، شیروان و بجنورد سفر کردند و در آنجا سخنرانیهایی در راستای پیشبرد انقلاب ایراد نمودند. بهدلیل نفوذ فزاینده و فعالیتهای انقلابی ایشان در مشهد، مأموران امنیتی رژیم پهلوی وی را بازداشت کردند. در گزارشهای ساواک، آیتالله خامنهای بهعنوان یکی از چهرههای اصلی انقلاب در خراسان معرفی شده بود.
در روز عاشورای سال ۱۳۵۷، علی خامنهای برای جمعیت گستردهای از مردم در مشهد سخنرانیهای پرشوری ایراد کردند. ایشان به نمایندگی از روحالله خمینی، خطبه شب عاشورا را قرائت کردند. با این اقدام انقلابی، سنت دیرینهای را که رژیم پهلوی تحمیل کرده بود ـ و بر اساس آن مراسم بهصورت تشریفاتی برگزار و در آن برای محمدرضا پهلوی دعا میشد ـ درهم شکستند.
علاوه بر این، ایشان راهپیمایی عظیم عاشورای مشهد را سازماندهی کرده و در آن سخنرانی نمودند. همچنین از جمله روحانیانی بودند که پیشنهاد برگزاری تظاهرات در بیمارستان شاهرضا (بیمارستان امام رضا کنونی) را در اعتراض به حمله مأموران رژیم پهلوی به این بیمارستان مطرح کردند.
با حرکت روحانیان بهسوی محل تظاهرات، جمعیت زیادی به آنان پیوستند. تظاهرکنندگان بیانیهای صادر کردند که در آن جنایات مأموران رژیم پهلوی محکوم شده، مجازات عاملان این حوادث، سرنگونی رژیم پهلوی و بازگشت امام خمینی (ره) خواسته شده بود. این اقدامات بازتاب گستردهای در سراسر کشور داشت و اعلامیههای بسیاری در حمایت از این حرکت منتشر شد.
در ۹ دی ۱۳۵۷ (۳۰ دسامبر ۱۹۷۸)، علی خامنهای به همراه چند تن از روحانیان انقلابی مشهد، جمعیت عظیمی از مردم را بهسوی ساختمان استانداری هدایت کردند تا مسئولان و کارمندان استان خراسان را به پیوستن به انقلاب تشویق کنند. با این حال، با وجود مسالمتآمیز بودن این تجمع، نیروهای پلیس مستقر در ساختمان بهسوی مردم آتش گشودند.
در پی این حادثه، تظاهرات به خیابانهای شهر گسترش یافت و ناآرامیهایی رخ داد که طی آن چندین ساختمان و مرکز دولتی به آتش کشیده شد. همان شب، روحانیان مشهد از جمله آیتالله خامنهای تلاش کردند از طریق مذاکره و نشستهای مختلف، مانع ادامه خونریزی شوند. با این وجود، مأموران رژیم پهلوی کشتاری را رقم زدند که به «یکشنبه خونین ۱۰ دی ۱۳۵۷» مشهور شد.
پس از این واقعه، آیتالله خامنهای و دیگر روحانیان مشهد با صدور بیانیهای، این کشتار را محکوم کرده و خواستار ادامه نهضت انقلابی شدند.
با شتاب گرفتن فروپاشی رژیم پهلوی و آشکار شدن نشانههای پیروزی نهایی نهضت اسلامی، روحالله خمینی در ۲۲ دی ۱۳۵۷ فرمان تشکیل شورای انقلاب اسلامی را صادر کردند. علی خامنهای نیز بهعنوان یکی از اعضای این شورا منصوب شدند و در اواخر دی ۱۳۵۷، مشهد ـ که نقش مهمی در تحولات انقلابی آن ایفا کرده بودند ـ را ترک کرده و به تهران رفتند.
ایشان در مدرسه رفاه اقامت داشتند و در کنار شخصیتهای انقلابی همچون محمد بهشتی، مرتضی مطهری و محمد مفتح، بهطور فعال در سازماندهی مرحله نهایی انقلاب اسلامی و برنامهریزی برای آینده مشارکت کردند.
پس از تشکیل کمیته استقبال از امام خمینی توسط شورای انقلاب اسلامی، آیتالله خامنهای مسئولیت کمیته تبلیغات و اطلاعرسانی این ستاد را بر عهده گرفتند.
هنگامی که فرودگاههای ایران به دستور شاپور بختیار ـ نخستوزیر منصوب شاه ـ برای جلوگیری از بازگشت روحالله خمینی به کشور بسته شد، علی خامنهای به همراه محمد بهشتی و چند تن دیگر از روحانیان برجسته انقلابی، در اعتراض به این تصمیم، تحصن گستردهای را در مسجد دانشگاه تهران سازماندهی کردند. با پیوستن شمار بیشتری از علما، دانشگاهیان و مردم عادی، این تحصن بهطور چشمگیری گسترش یافت.
در شب پیش از آغاز تحصن، آیتالله بهشتی در بهشتزهرا سخنرانی کردند و آیتالله خامنهای قطعنامهای را که شخصاً تهیه کرده بودند، قرائت نمودند. این گردهمایی زمینهساز تحصن روز بعد در مسجد دانشگاه تهران شد.
در جریان این اعتراض، آیتالله خامنهای و دیگر روحانیان فعالیتهای مختلفی انجام دادند؛ از جمله سخنرانی، صدور بیانیه و انتشار نشریهای با عنوان «تحصن».
با صدور بیانیهای در ۸ بهمن ۱۳۵۷، متحصنان اعلام کردند که تا بازگشایی فرودگاهها و فراهم شدن امکان بازگشت روحالله خمینی به ایران، به تحصن خود ادامه خواهند داد. این تحصن تا صبح ۱۲ بهمن ادامه یافت و مسجد دانشگاه تهران را به یکی از مهمترین مراکز فعالیتهای انقلابی تبدیل کرد.
در روز تاریخی بازگشت امام خمینی به ایران در ۱۲ بهمن ۱۳۵۷ (۱ فوریه ۱۹۷۹)، علی خامنهای به همراه بسیاری از روحانیان و فعالان انقلابی برای استقبال از ایشان به فرودگاه مهرآباد رفتند. آیتالله خامنهای در ده روز بعد نیز در کنار امام خمینی حضور داشتند و مشورت و حمایت خود را به ایشان ارائه میکردند.
ایشان همچنین مسئولیت اداره کمیته تبلیغات امام خمینی را پذیرفتند تا با تبلیغات مخالفان داخلی و خارجی، احزاب فرصتطلب و گروههای مختلف سیاسی مقابله کنند. علاوه بر این، در انتشار نشریاتی همچون «امام» نقش داشتند و شخصاً چندین مقاله برای آن نگاشتند و منتشر کردند.
یکی از نخستین عرصههایی که آیتالله سید علی خامنهای در شکلگیری نظام جمهوری اسلامی ایران نقشی تعیینکننده ایفا کرد، عضویت ایشان در شورای انقلاب اسلامی بود.
این شورا پس از آن تشکیل شد که امام روحالله خمینی در مهرماه ۱۳۵۷ (اکتبر ۱۹۷۸) به فرانسه هجرت کردند؛ زمانی که نشانههای پیروزی انقلاب اسلامی روزبهروز آشکارتر میشد. شورای انقلاب به فرمان امام خمینی تشکیل شد و اعضای آن مستقیماً توسط ایشان انتخاب شدند. با این حال، بهدلیل برخی ملاحظات، موجودیت شورا تنها اندکی پیش از پیروزی انقلاب اسلامی، در ۲۲ دی ۱۳۵۷ (۱۲ ژانویه ۱۹۷۹) بهطور رسمی اعلام شد.
اعضای اولیه شورای انقلاب عبارت بودند از: شهید مرتضی مطهری، شهید محمد بهشتی، آیتالله عبدالکریم موسوی اردبیلی، آیتالله محمدرضا مهدوی کنی، آیتالله سید علی خامنهای، شهید محمدجواد باهنر و آیتالله اکبر هاشمی رفسنجانی. پس از آن نیز شماری دیگر از شخصیتهای برجسته به عضویت شورا درآمدند.
از اواخر دیماه ۱۳۵۷، آیتالله خامنهای نیز حضور فعال خود را در جلسات شورای انقلاب آغاز کردند.
پس از پیروزی انقلاب اسلامی، شورای انقلاب اسلامی مسئولیتهای مهم و گستردهای را بر عهده گرفت که از جمله آنها عبارت بودند از:
در ۸ فروردین ۱۳۵۸ (۲۹ مارس ۱۹۷۹)، امام روحالله خمینی از آیتالله سید علی خامنهای خواستند تا با تشکیل هیئتی به سیستان و بلوچستان سفر کند، خواستهها و مشکلات مردم آن منطقه را از نزدیک بررسی کرده و گزارشی از وضعیت موجود تهیه و ارائه دهد.
ایشان در جریان این سفر، با علما، بزرگان و شخصیتهای بانفوذ منطقه دیدار و گفتوگو کردند و ضمن تبیین سیاستها و اهداف جمهوری اسلامی ایران، به بررسی مسائل و مشکلات مردم پرداختند.
همچنین، حمایت از تشکیل و تقویت نهادهای انقلابی و مردمی، از جمله سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و جهاد سازندگی، از دیگر مواضع و فعالیتهای مهم ایشان در دوران عضویت در شورای انقلاب اسلامی به شمار میرفت.
با ادغام دولت موقت و شورای انقلاب اسلامی در اواخر تیرماه ۱۳۵۸ (ژوئیه ۱۹۷۹)، شماری از اعضای شورای انقلاب به مسئولیتهای مهم دولتی منصوب شدند. در این میان، آیتالله سید علی خامنهای به سمت معاون امور انقلاب در وزارت دفاع منصوب شدند و شهید مصطفی چمران نیز مسئولیت وزارت دفاع را بر عهده گرفت.
در چارچوب روند ادغام شورای انقلاب اسلامی با دولت موقت ــ اقدامی که با هدف تمرکز امور اجرایی کشور صورت گرفت ــ آیتالله خامنهای همچنین به عضویت کمیسیون وزرای امنیت درآمدند.
در این کمیسیون، مسئولیت نظارت بر مسائل نظامی و امنیتی کشور به ایشان واگذار شد. از جمله مهمترین وظایف ایشان، رسیدگی به بحرانهای گنبد، کردستان و خوزستان و نیز مقابله با فعالیت احزاب و گروههای ضدانقلاب بود.
از دیگر مسئولیتهای مهمی که از سوی شورای انقلاب اسلامی به آیتالله سید علی خامنهای واگذار شد، سرپرستی مرکز اسناد و نیز فرماندهی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی در ۲۳ آبان ۱۳۵۸ (۱۴ نوامبر ۱۹۷۹) بود. پیش از این انتصاب، ایشان بهعنوان نماینده شورای انقلاب در جلسات سپاه پاسداران انقلاب اسلامی حضور فعال داشتند.
دلیل این انتصاب، بروز اختلافات و ناهماهنگیهایی در درون سپاه بود که در ماههای پس از پیروزی انقلاب اسلامی به وجود آمده و همچنان حلنشده باقی مانده بود.
آیتالله خامنهای که از حامیان تشکیل و تقویت نیروهای مردمی، بهویژه سپاه پاسداران انقلاب اسلامی بودند، تلاش کردند ضمن ساماندهی هرچه بهتر این نهاد، اختلافات موجود را نیز برطرف سازند.
سرانجام، در ۵ دی ۱۳۵۸ (۲۶ دسامبر ۱۹۷۹)، بهدلیل تصمیم برای نامزدی در نخستین دوره مجلس شورای اسلامی، از مسئولیت فرماندهی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی استعفا دادند.
در روزهای پایانی منتهی به پیروزی انقلاب اسلامی و در نخستین روزهای پس از آن، آیتالله سید علی خامنهای به همراه شهید آیتالله سید محمد حسینی بهشتی، آیتالله اکبر هاشمی رفسنجانی، آیتالله سید عبدالکریم موسوی اردبیلی و شهید محمدجواد باهنر درصدد تأسیس یک تشکیلات انقلابی و سازمانیافته برآمدند.
آیتالله خامنهای در کنار حضور مؤثر در شورای انقلاب اسلامی و مشارکت در اداره امور انقلاب در دوران گذار، نقش فعالی در شکلگیری و سازماندهی این تشکیلات ایفا کردند.
این تشکیلات سرانجام در ۲۹ بهمن ۱۳۵۷ (۱۸ فوریه ۱۹۷۹) با عنوان حزب جمهوری اسلامی بهطور رسمی اعلام موجودیت کرد.
پس از شهید آیتالله سید محمد حسینی بهشتی و شهید محمدجواد باهنر ــ نخستین و دومین دبیرکل حزب جمهوری اسلامی ــ آیتالله سید علی خامنهای در شهریور ۱۳۶۰ (سپتامبر ۱۹۸۱) با رأی شورای مرکزی حزب بهعنوان سومین دبیرکل حزب جمهوری اسلامی منصوب شدند.
حزب جمهوری اسلامی در سالهای نخست پس از پیروزی انقلاب اسلامی تا استقرار کامل نظام جمهوری اسلامی ایران در دهه ۱۳۶۰، یکی از مهمترین ارکان پشتیبان نظام به شمار میرفت و فراتر از ساختار رسمی سیاسی کشور فعالیت میکرد. این حزب در عمل، نقش مؤثری در حفظ، تثبیت و تقویت پایههای جمهوری اسلامی ایران ایفا کرد.
در دومین دوره ریاستجمهوری آیتالله سید علی خامنهای، فعالیتهای حزب جمهوری اسلامی بهتدریج رو به کاهش گذاشت. این روند تحت تأثیر عواملی همچون پایان یافتن بحرانهای نخستین سالهای انقلاب، استقرار نهادهای اصلی نظام جمهوری اسلامی، سنگین بودن مسئولیتهای اجرایی شخصیتهای برجستهای مانند آیتالله اکبر هاشمی رفسنجانی و نیز شهادت شماری از بنیانگذاران حزب در انفجار تروریستی هفتم تیر ۱۳۶۰ (۲۸ ژوئن ۱۹۸۱) قرار داشت. افزون بر این، امام روحالله خمینی بر این باور بودند که حزب، بهجای ایفای نقش در ایجاد وحدت، به عاملی برای شکلگیری اختلافات و رقابتهای جناحی تبدیل شده است.
از اینرو، آیتالله سید علی خامنهای و آیتالله اکبر هاشمی رفسنجانی در اردیبهشت ۱۳۶۶ (مه ۱۹۸۷) با تأکید بر اینکه ادامه فعالیت حزب میتواند به وحدت ملی آسیب برساند، خواستار توقف فعالیتهای آن شدند. امام خمینی نیز در ۱۱ خرداد ۱۳۶۶ (۱ ژوئن ۱۹۸۷) با این درخواست موافقت کردند و بدینترتیب، حزب جمهوری اسلامی به فعالیت خود پایان داد.
در ۲۴ دی ۱۳۵۸ (۱۴ ژانویه ۱۹۸۰)، امام روحالله خمینی (ره) در پی قدردانی از سوابق، دانش، تعهد و فعالیتهای انقلابی آیتالله سید علی خامنهای، ایشان را بهعنوان امام جمعه تهران منصوب کردند. آیتالله خامنهای نخستین نماز جمعه خود را در ۲۸ دی ۱۳۵۸ (۱۸ ژانویه ۱۹۸۰) اقامه کردند.
ایشان پس از آن، بهطور منظم اقامه نماز جمعه تهران را بر عهده داشتند و تنها وقفه در این روند، سفر رسمی و دیپلماتیک ایشان به هند در فاصله بهمن تا اسفند ۱۳۵۹ (فوریه تا مارس ۱۹۸۱) بود.
امامت جمعه مستمر ایشان تا ۶ تیر ۱۳۶۰ (۲۷ ژوئن ۱۹۸۱) ادامه یافت؛ روزی که در جریان سوءقصد تروریستی در مسجد ابوذر تهران بهشدت مجروح شدند
پس از بهبودی، آیتالله سید علی خامنهای بار دیگر امامت جمعه تهران را بر عهده گرفتند. یکی از مهمترین ابتکارات ایشان، پیشنهاد برگزاری کنگرههای سراسری ائمه جمعه بود. هدف از این اقدام، تقویت وحدت، هماهنگی و همافزایی میان ائمه جمعه سراسر ایران و همچنین گسترش ارتباط و تعامل با ائمه جمعه و شخصیتهای دینی جهان اسلام بود.
پس از موافقت امام روحالله خمینی (ره)، نخستین کنگره ائمه جمعه در مدرسه فیضیه قم برگزار شد و در سالهای بعد نیز نشستها و کنگرههای متعددی در این زمینه برگزار گردید.
آیتالله خامنهای در خطبههای نماز جمعه، مهمترین مواضع اعتقادی، سیاسی و راهبردی جمهوری اسلامی ایران را تبیین میکردند. این خطبهها نقش مهمی در تعمیق معارف دینی و ارتقای آگاهی سیاسی جامعه ایفا کرد.
از ویژگیهای برجسته خطبههای ایشان، ایراد برخی از خطبهها به زبان عربی بود که این امر امکان برقراری ارتباط مستقیم با مسلمانان و مخاطبان جهان اسلام را فراهم میساخت.
در اسفند ۱۳۵۸ (مارس ۱۹۸۰)، آیتالله سید علی خامنهای با حمایت ائتلاف «نیروهای خط امام» ــ متشکل از جامعه روحانیت مبارز تهران، حزب جمهوری اسلامی و دیگر گروههای اسلامی ــ بهعنوان نماینده مردم تهران به نخستین دوره مجلس شورای اسلامی راه یافتند.
ایشان در مجلس، ریاست کمیسیون دفاع را بر عهده داشتند و در این مسئولیت، نقش مهمی در بررسی و پیگیری مسائل مربوط به دفاع ملی، سپاه پاسداران انقلاب اسلامی، ادغام سازمان بسیج در سپاه پاسداران، بازسازی و ساماندهی ارتش و نیز رسیدگی به مسائل امنیتی کردستان، سیستان و بلوچستان و مناطق مرزی کشور ایفا کردند.
یکی از مهمترین اقدامات پارلمانی ایشان، سخنرانی در حمایت از طرح عدم کفایت سیاسی رئیسجمهور وقت، ابوالحسن بنیصدر بود.
با آغاز جنگ تحمیلی ایران و عراق در شهریور ۱۳۵۹ (سپتامبر ۱۹۸۰)، بهدلیل حضور مستمر در جبهههای جنگ، مشارکت ایشان در جلسات مجلس کاهش یافت. پس از سوءقصد تروریستی ششم تیر ۱۳۶۰ (ژوئن ۱۹۸۱) و مجروحیت شدید، حضور در جلسات مجلس برای ایشان دشوارتر شد.
سرانجام، پس از انتخاب به ریاستجمهوری ایران در مهر ۱۳۶۰ (اکتبر ۱۹۸۱)، از نمایندگی مجلس شورای اسلامی استعفا دادند.
از نخستین ساعات آغاز جنگ تحمیلی ایران و عراق در شهریور ۱۳۵۹ (سپتامبر ۱۹۸۰)، آیتالله سید علی خامنهای نقشی فعال در دفاع از کشور ایفا کردند. تنها چند ساعت پس از آغاز تجاوز ارتش عراق، ایشان از طریق رادیو، مردم ایران را از وقوع این حمله آگاه ساختند.
روز بعد نیز در نشستهای مشورتی و نظامی با هدف بررسی وضعیت جبههها و سازماندهی اقدامات دفاعی شرکت کردند. هنگامی که تصمیم گرفته شد نمایندهای برای ارزیابی میدانی به خطوط مقدم اعزام شود، آیتالله خامنهای داوطلب انجام این مأموریت شدند.
حضور در جبهههای نبرد
با موافقت امام روحالله خمینی (ره)، آیتالله سید علی خامنهای در ۵ مهر ۱۳۵۹ (سپتامبر ۱۹۸۰) عازم جبهههای جنگ شدند. ایشان تا اواسط سال ۱۳۶۰ عمدتاً در جبهههای جنوب حضور داشتند و ضمن ارزیابی شرایط نظامی، ارائه گزارشهای مستقیم به امام خمینی و کمک به سازماندهی دفاع کشور، نقش مؤثری در مدیریت صحنههای نبرد ایفا کردند.
پس از آن نیز با حضور در جبهههای غرب کشور، فعالیتهای خود را در زمینه هدایت، گزارشدهی، هماهنگی و ارتباط با رزمندگان و مردم ادامه دادند.
آیتالله سید علی خامنهای در چندین عملیات نظامی حضور فعال داشتند و در سازماندهی، هماهنگی و پشتیبانی از این عملیاتها نقش مؤثری ایفا کردند. ایشان برای تأمین پشتیبانی لجستیکی و نظامی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و نیروهای بسیج تلاش کردند و در عین حال، به تقویت همکاری و هماهنگی میان سپاه پاسداران و ارتش جمهوری اسلامی ایران اهتمام ورزیدند.
بخش مهمی از فعالیتهای ایشان به حمایت از ستاد جنگهای نامنظم به فرماندهی شهید مصطفی چمران اختصاص داشت. آیتالله خامنهای بهطور مستقیم در آموزش و تجهیز یگانهای تخصصی رزمی، از جمله نیروهای ضدزره، مشارکت داشتند و در تقویت دفاع از مناطق راهبردی همچون خرمشهر، آبادان و سوسنگرد نقش مؤثری ایفا کردند.
این فعالیتها موجب شد آیتالله سید علی خامنهای در سالهای آغازین دفاع مقدس، به یکی از چهرههای برجسته در هماهنگی امور نظامی، پشتیبانی لجستیکی و سازماندهی مقاومت مردمی تبدیل شوند.
در ۲۰ اردیبهشت ۱۳۵۹ (۱۰ مه ۱۹۸۰)، امام روحالله خمینی (ره)، آیتالله سید علی خامنهای را بهعنوان نماینده و سخنگوی خود در شورای عالی دفاع منصوب کردند. سپس، در ۲۰ مهر ۱۳۵۹ (۱۲ اکتبر ۱۹۸۰)، بنا به دستور امام خمینی، شورای عالی دفاع مسئولیت هدایت، هماهنگی و نظارت بر امور نظامی کشور را بر عهده گرفت.
آیتالله خامنهای در این مسئولیت، بهعنوان یکی از مهمترین مشاوران امام خمینی در امور مربوط به جنگ تحمیلی ایفای نقش کردند و در تصمیمگیریهای راهبردی دفاعی مشارکت داشتند.
ایشان همچنین پس از برگزاری جلسات شورای عالی دفاع، بهطور منظم نتایج، تصمیمات و آخرین تحولات جبهههای جنگ را از طریق رسانهها با مردم در میان میگذاشتند و آنان را در جریان روند دفاع مقدس قرار میدادند.
آیتالله سید علی خامنهای در تلاش برای شکستن محاصره آبادان در دوران جنگ تحمیلی ایران و عراق نقش مستقیمی ایفا کردند. ایشان همچنین تحولات جبهه خرمشهر را با دقت دنبال میکردند و بر این باور بودند که با اقدام سریع و بهموقع نظامی میتوان از سقوط این شهر جلوگیری کرد.
در همین راستا، آیتالله خامنهای در نامهای به ابوالحسن بنیصدر، رئیسجمهور و فرمانده کل قوا، پیشنهاد کردند که دو تیپ نظامی در منطقه سوسنگرد مستقر شوند تا از سقوط خرمشهر جلوگیری شود.
با این حال، این پیشنهاد به اجرا گذاشته نشد و در نهایت، شهر خرمشهر به اشغال نیروهای ارتش عراق درآمد.
در سالهای آغازین جنگ تحمیلی ایران و عراق، شماری از شخصیتها و سازمانهای بینالمللی تلاش کردند میان ایران و عراق برای برقراری صلح میانجیگری کنند. آیتالله سید علی خامنهای بر این باور بودند که هرگونه توافق صلح تنها در صورتی قابل پذیرش است که عراق شرایط اساسی جمهوری اسلامی ایران را بپذیرد؛ از جمله خروج کامل نیروهای عراقی از خاک ایران، پرداخت غرامت جنگی و پذیرش مسئولیت آغاز تجاوز.
ایشان معتقد بودند که صلحی تحمیلی یا ناعادلانه میتواند زیانبارتر از ادامه جنگ باشد. در عین حال، تلاشها و سفرهای هیئتهای بینالمللی صلح را نیز بیفایده نمیدانستند، زیرا این اقدامات را فرصتی برای افشای ماهیت و اقدامات رژیم صدام حسین، آشکار ساختن رنجها و خسارتهای واردشده بر ملت ایران و نیز تبیین و معرفی مواضع جمهوری اسلامی ایران در برابر افکار عمومی و جامعه جهانی تلقی میکردند.
به دنبال برکناری بنی صدر گروه های حامی وی و مجاهدین خلق به ترور و خشونت های خیابانی روی آوردند. ششم تیر 1360 جمعیت زیادی در مسجد ابوذر بود و سوالاتی درباره شهید بهشتی پرسیده می شد و آیت الله خامنه ای جواب می داد.درمیان صحبتها ضبط صوت بزرگی دست به دست می شد تا جلوی تریبون آمد. همه گمان کردند که ضبط مسجد است.ضبط صوت سمت چپ آقا بود که یکی نگاهی به آن انداخت و کمی با فاصله سمت راست گذاشت
مدتی بعد
بلندگو به سرو صدا افتاد. آقای خامنه ای برگشت به سمت پشت منبر و گفت این صدا را درست کنید یا خاموش کنید. همزمان از میکروفون و ضبط صوت روی میز فاصله گرفت تا شاید صدا درست شود.ناگهان انفجار شدیدی تمام مسجد را تکان داد. برخی این انفجار را به کار گروه فرقان و برخی سازمان مجاهدین خلق را عامل انفجار می دانشتند
به دنبال شهادت آیتالله مرتضی مطهری و خلائی که از فقدان وی در میان دانشجویان و دانشگاهیان پدید آمده بود، امام خمینی در ۲۳ خرداد ۱۳۵۸ طی سخنانی در جمع دانشجویان، آیتالله خامنهای را فردی فهیم و سخنور نامیده و مرجع رسیدگی به مسائل فکری و عقیدتی دانشجویان و مقابله با تبلیغات احزاب و گروههای مخالف نظام جمهوری اسلامی، بهویژه مارکسیستها در محیط دانشگاهی تعیین کرد .
وی از این تاریخ تا شروع جنگ ایران و عراق در ۳۱ شهریور ۱۳۵۹ روزهای دوشنبه در مسجد دانشگاه تهران در جمع دانشجویان حضور مییافت و ضمن اقامه جماعت نماز ظهر و عصر و ایراد سخنرانی در موضوعات مهم روز، به پرسشهای فکری و سیاسی آنها پاسخ میداد. این جلسات بعدها در در مساجد مهم تهران ادامه پیدا کرد. حادثه سوءقصد به ایشان در مسجد اباذر در خلال یکی از از همین جلسات رخ داد .
اقدام دیگر او مقابله با تلاشهایی بود که از سوی برخی از اعضای دولت موقت برای انحلال مجلس خبرگان قانون اساسی در حال شکلگیری بود. بدین نحو که نامهای به امضای پانزده نفر از وزیران و اعضای دولت موقت تهیه شده بود و در نظر داشتند قبل از اطلاع امام خمینی و اظهار نظر ایشان، انحلال مجلس مزبور را به مردم اطلاع دهند و اگر امام خمینی مخالفتی کرد، به صورت دستهجمعی استعفا کنند.
آیتالله خامنهای که از سوی شورای انقلاب در جلسه هیأت وزیران شرکت میکرد، پس از طرح نامه مذکور در جلسه، به شدت با آن مخالفت نمود و بر ضرورت اطلاع امام خمینی پیش از انتشار آن تأکید ورزید.
امام خمینی نیز، پس از آگاهی از موضوع، با درخواست آنان مخالفت نمود و بر ادامه کار قانونی مجلس خبرگان قانون اساسی تأکید کرد.
در دومین سالگرد پیروزی انقلاب اسلامی که مقارن با آغاز قرن پانزدهم هجری قمری نیز بود، بنا به تصمیم شورای عالی تبلیغات اسلامی، هیئتهای گوناگونی از طرف نظام جمهوری اسلامی به کشورهای مختلف جهان عزیمت کردند تا مواضع و دیدگاههای جمهوری اسلامی ایران و ویژگیهای انقلاب اسلامی را برای ملتها، به ویژه ملتهای مسلمان، تشریح و تبیین کنند.
آیتالله خامنهای سرپرستی هیئت اعزامی به هندوستان را بر عهده گرفت.
ایشان از ۲۱بهمن تا ۶ اسفند ۵۹ به شهرهایی چون دهلینو، حیدرآباد، بنگلور و منطقهٔ کشمیر سفر کرد.
وی در سخنرانیها، دیدارها، گفتوگوها و مصاحبههای مطبوعاتی، بهویژه با اصحاب مطبوعات محلی، دانشجویان و استادان دانشگاهها، تشکلها و شخصیتهای اسلامی و نیز شیعیان هند، چهرهٔ واقعی انقلاب اسلامی ایران، نظام جمهوری اسلامی و مسائل مهم آن، بهویژه جنگ با عراق را تشریح و تبیین کرد.
همچنین، آیتالله خامنهای با خانم گاندی، نخستوزیر هند ـ که از شخصیتهای معتبر و موجه بینالمللی بود ـ دیدار و گفتوگو کرد.
آیتالله خامنهای در سالهای نخست پس از پیروزی انقلاب اسلامی، از چهرههای برجسته نیروهای خط امام بود و با جریان لیبرال به رهبری ابوالحسن بنیصدر اختلافات جدی فکری و سیاسی داشت. با این حال، بهمنظور حفظ وحدت جامعه و تبعیت از تأکید امام خمینی، از طرح علنی اختلافات خودداری میکرد.
پس از آنکه بنیصدر از دیدگاه انقلاب اسلامی و قانون اساسی فاصله گرفت، آیتالله خامنهای در ۳۰ خرداد ۱۳۶۰ در مجلس شورای اسلامی با طرح عدم کفایت سیاسی بنیصدر موافقت کرد و در حمایت از آن سخنرانی مهمی ایراد نمود.
وی همچنین در سالهای ۱۳۵۸ تا ۱۳۶۰ در برابر سیاستها و انتصابهای مورد حمایت جریان لیبرال و ملیگرا، از جمله حفظ دفتر مستشاری نظامی آمریکا در ایران و بهکارگیری مسئولان غیرهمسو با انقلاب، موضعی مخالف اتخاذ کرد.
هشتم شهریور سال 1360 منافقین در انفجاری مهیب مقر نخست وزیری را ویران کردند.علی رجایی دومین رئیس جمهوری ایران و حجت الاسلام و المسلمین محمد باهنر نخست وزیر وی به شهادت رسیدند.
در جلسه حزب جمهوری اسلامی اسم آقای خامنه ای به عنوان کاندیدای حزب مطرح شد. مهدوی کنی در آن زمان نخست وزیر بود ولی آقای خامنه ای مخالف کاندیداتوری خود بود..امام نیز بارها مخالفتش را با رئیس جمهور شدن روحانیون اعلام کرده بود اما بعدها با شهادت علی رجایی با چندین رایزنی و توضیحات با این امر موافقت کرد.
در این دوره 46 نفر داوطلب شدند که پس از بررسی شورای نگهبان، صلاحیت 4 نفر تأیید شد. این افراد عبارت بودند از علی اکبر پرورش (نمایندهی مجلس)، آیتالله خامنهای (نماینده شورای انقلاب و معاون وزارت دفاع)، سید رضا زوارهای (معاون وزارت کشور) و دکتر حسن غفوری فرد. انتخابات در تاریخ دهم مهر 1360 برگزار شد.
نکته حائز اهمیت آنکه افرادی مانند آیتالله محمدرضا مهدوی کنی و چندین چهره مشهور دیگر، از جمله داوطلبانی بودند که به نفع آیتالله خامنهای از رقابت در انتخابات انصراف دادند. در این دوره از انتخابات، حضرت آیتالله خامنهای 15905987 رأی (95٪)، علی اکبر پرورش (نماینده مجلس) 348294 رأی (2/2٪) سیدرضا زوارهای 59058 رأی (38/0٪) و دکتر غفوری فرد 80545 رأی (48/0٪) کسب کردند و به این ترتیب، منتخب این دوره آیتالله خامنهای بود، که حکم تنفیذ ایشان در تاریخ هفدهم مهر 1360 توسط حضرت امام خمینی(ره) صادر گردید.
در مجلس و حزب جمهوری اسلامی سید علی اکبر پرورش، محمد غرضی، مصطفی میر سلیم و میر حسین موسوی مطرح بودند. آقای خامنه ای در ۲۷ مهر ۱۳۶۰ علیاکبر ولایتی را که عضو شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی و از نیروهای خط امام بود، به عنوان نخستوزیر به مجلس شورای اسلامی معرفی کرد.در سی مهر ماه از مجموع آراء نمایندگان، 74 رای مثبت، 80 رای منفی و 38 رای ممتنع به دکتر ولایتی داده شد و برای اولین بار مجلس نخست وزیر پیشنهادی رئیس جمهور را نپذیرفت.
در ۴ آبان ۱۳۶۰ میرحسین موسوی را که عضو شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی، سردبیر روزنامه جمهوری اسلامی و وزیر امور خارجه دولت های رجایی، باهنر و مهدوی کنی بود به عنوان نخستوزیر به مجلس معرفی کرد . او توانست در ۶ آبان ۱۳۶۰ آراء موافق اکثریت نمایندگان مجلس را کسب کند و یک ماه بعد از تشکیل کابینه دکتر علی اکبر ولایتی به عنوان وزیر امور خارجه انتخاب می شود.
آیتالله خامنهای ریاست جمهوری خود را در حالی آغاز کرد که نهاد ریاست جمهوری از ساختار مناسبی برخوردار نبود. گروههای مشاور و کارگروهها برای کمک به رئیسجمهور در انجام وظایف قانونی نیز هنوز تشکیل نشده بود و این امر مشکلات فراوانی را برای عملکرد رئیسجمهور پدید میآورد.
به تدریج، دفتر ریاست جمهوری با چندین مشاور و کارگروه شکل گرفت . آیتالله خامنهای در ابتدا بخشی از تلاشهای خود را معطوف ساختارسازی برای دفتر رئیس جمهور و نهاد ریاست جمهوری کرد. بعدها در پی ابهام در شرح وظایف رئیس جمهور که کاستی آن بهویژه در تعامل با نخستوزیر در طول دوره اول آشکار شده بود، قانون اختیارات رئیس جمهور تهیه و تدوین شد و در تاریخ ۱۶ اردیبهشت ۱۳۶۵ به تصویب مجلس شورای اسلامی رسید .
آذر ماه 1361 اولین انتخابات مجلس خبرگان رهبری برگزار شد.آقای خامنه ای رای اول تهران بود.
مجلس خبرگان رهبری مجلسی متشکل از فقیههای «واجد شرایط» است که بر اساس اصل ۱۰۷ قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران مسئولیت تعیین، ولی فقیه (رهبر جمهوری اسلامی) را دارد. مدت هر دوره این مجلس که اعضای آن به وسیله انتخابات و توسط رأی مستقیم و مخفی مردم انتخاب میگردند، هشت سال میباشد.
مجلس خبرگان رهبری مطابق تعریف قانون اساسی یک مجلس انتخابی تمام عیار است نه انتصابی. این مجلس بعلت حساسیتی که در انتخاب رهبر دارد دارای استقلالی است که هیچ نهاد دیگر ندارد و طبق اصل ۱۰۸ قانون اساسی صلاحیت خود تنظیمی دارد تا هیچ نهادی نتواند این پارلمان کوچک، اما راهبردی را تحت نفوذ و تغییرات ناشایست قرار دهد. به نحوی که میتوان گفت: با نفوذترین نهاد جمهوری اسلامی ایران است.
در ۸ شهریور ۱۳۶۲ آیتالله خامنهای، اولین ترمیم عمده در ستاد انقلاب فرهنگی را براساس حکم امام خمینی عهدهدار شد. امام این حکم را در پاسخ به استعلام ایشان به مناسبت بازگشایی دانشگاهها صادر کرد .
همچنین، دومین ترمیم در ستاد انقلاب فرهنگی را بر اساس پیام امام خمینی در ۱۹ آذر ۱۳۶۳، صورت داد . در این ترمیم، ستاد انقلاب فرهنگی به شورای عالی انقلاب فرهنگی تغییر نام داد و رئیسجمهور رئیس این شورا شد آیتالله خامنهای این سمت را تا پایان دومین دورهی ریاست جمهوری خود در تیر ۱۳۶۸ عهدهدار بود و در این سالها در تدوین سیاستهای مهم فرهنگی کشور نقش مؤثری ایفا نمود.
آیت الله خامنه ای از ۱2 تا ۲۰ شهریور ۱۳۶۳ به کشورهای سوریه، لیبی و الجزایر سفر کرد.در سوریه با حافظ اسد دیدار کرد که مهمترین حامی ایران در آن زمان بود. در الجزایر با شاذلی بن جدید رئیس جمهور این کشور و در لیبی با سرهنگ قذافی دیدار کرد.
آخرین جمعه سال(۲۴ اسفند ۱۳۶۳) 1363 بود و آیت الله خامنه ای در حال ایراد خطبه نماز جمعه بود که انفجاری صورت گرفت.موج و حرارت انفجار به جایگاه هم رسید اما به ایشان آسیبی نرسید.صدای انفجار بسیار مهیب بود اما ایشان مکان سخنرانی را ترک نکردند و اصرار بر ادامه صحبتهای خود داشتند.
موعد انتخابات ریاست جمهوری نزدیک می شد اما آیت الله خامنه ای به خاطر اختلاف نظرهایی با دولت درباره تمرکز گرایی، اقتصاد و برخی افراد کابینه مایل به شرکت مجدد در انتخابات ریاست جمهوری نبود.
اما امام خمینی موافق عدم حضور او نیست.آیت الله خامنه ای این موضوع را با ایشان در میان گذاشت و امام فرمود که بر شما متعین است یعنی واجب عینی است که در انتخابات شرکت کنید.
حبیب الله عسگر اولادی و محمود کاشانی دو رقیب آیت الله خامنه ای در انتخابات چهارمین دوره ریاست جمهوری بودند.
25 مرداد 1364 انتخابات دوره چهارم ریاست جمهوری برگزار شد . آیت الله خامنه ای با 14.3 میلیون رای از مجموع 16 میلیون رای چهارمین رئیس جمهوری ایران شد.سید محمود کاشانی و عسگر اولادی به ترتیب یک میلیون و چهارصد و سیصد هزار رای آورند.
آیت الله خامنه ای موافق معرفی مهندس میر حسین موسوی نبود اما امام با توجه به نظر اکثریت نمایندگان محلس و نیروهای رادیکال و چپ گرای انقلاب و اخباری که از نظر رزمندگان به ایشان می رسید، با تغییر نخست وزیر موافق نبودند.
آیت الله خامنه ای بنابر نظر امام خمینی مهندس میر موسوی را بار دیگر به عنوان نخست وزیر به مجلس شورای اسلامی معرفی کرد. در جلسه رای اعتماد به نخست وزیر 161 رای موافق دربرابر 99 رای دیگر بود که 73 تایش مخالف و 26 تایش ممتنع بود که به گروه 99 معروف شدند.
در تاریخ 2/8/1364 کابینه مهندس موسوی از مجلس رای اعتماد گرفت و با حرف چهره های جناح راست ، یک کابینه یک دست جناح چپ و معتدل تشکیل شد.
24 دی 1364 آیت الله خامنه ای به پاکستان سفر کرد و با استقبال پرشور مردم لاهور مواجه شد که شعار الله اکبر خمینی رهبر سر می دادند.مسیر 15 دقیقه ای فرودگاه لاهور تا مزار علامه اقبال چهارساعت طول کشید و در طول این پانزده کیلومتر جمعیت دوستداران انقلاب اسلامی موج می زد.
رسانه های اسرائیلی این استقبال را برنامه ریزی شده دانستن و بسیاری از رسانه های دیگر شگفت زده بودند. بعد از این سفر قرار بود ریگان رئیس جمهور آمریکا به پاکستان سفر کند ولی با دیدن این حجم از استقبال از رئیس جمهور ایران از این کار منصرف شد.
آیت الله خامنه ای پس از سفر پاکستان، به چند کشور آفریقایی مانند موزامبیک، تانزانیا، آنگولا و زیمباوه سفر کرد. و بعدها در خاطرات خود بیان کرد:
من به کشورهای انقلابی جنوب آفریقا که پنج شش کشورند رفته ام و با رهبران انقلابی این ها دیدار کرده ام و مشاهده کردم که وضع بعد از انقلاب خیلی فرق نکرده است و رهبر انقلابی جای قدرتمندان قبل از خودشان نشسته اند که نمی توان تشخیص داد که این ها یک گروه انقلابی مردمی هستند.
دوم بهمن ماه1364 آیت الله خامنه ای از سفر بازگشت و امام خمینی از نتایج سفر به ویژه سفر پاکستان بسیار خوشحال بود و ادعای منزوی بودن ایران در جهان را تبلیغات گمراه کننده خواند.
در شهریور 1365 آیت الله خامنه ای در اجلاس غیر متعهدها در شهر هراره زیمباوه شرکت کرد.وی متن نطق خود را به امام خمینی نشان داد و ایشان در حاشیه آن چند نکته نوشتند که یکی از آنها موضوع عدم تفکیک دین از سیاست بود.
متن نهایی نطق در اجتماع بین المللی که حدود صد کشور در آن شرکت داشتند ، خوانده شد و نقطه اساسی و جذاب نطق برای همگی همین قسمت بود.
آیت الله خامنه ای در حاشیه اجلاس غیر متعهدها با راجیو گاندی نخست وزیر هند، رئیس جمهور یوگسلاوی، جنرال ضیاء الحق(پاکستان)، کاسترو رئیس جمهور کوبا، دانیل اورتگا رئیس جمهور انقلابی نیکاراگوئه، سعود الفیصل نخست وزیر عربستان و ماهاتیر محمد رئیس جمهور مالزی دیدار و گفتگو کرد که فضای رایزنی با مقامات خارجی را برای ایران فراهم کرد.
6 فروردین 1365 ناگهان قلب امام خمینی از حرکت ایستاد. تلاش پزشکان داشت بی نتیجه به پایان می رسید که ناگهان قلب در آخرین شوک بازگشت. آیت الله خامنه ای در آن ایام در مشهد بود. حاج احمد آقا به آقایان خامنه ای و هاشمی گفت که خود را به تهران برسانند.
آیت الله خامنه ای 10 ساعت بعد از حادثه بالای سر امام بود و با دیدن وضع امام گریه کرد . امام خمینی به ایشان تلطف نمود و گفت که قوی باشید و به خدا متکی باشید.
آیتالله خامنهای در ۳۱ شهریور ۱۳۶۶ در چهل و دومین اجلاس مجمع عمومی سازمان ملل متحد شركت كرد و در سخنرانی خود دیدگاهها و مواضع اصولی جمهوری اسلامی ایران را برای سران دولتهای جهان تشریح كرد.
نكته حائز اهمیت این سفر ، استقبال عظیم ایرانیان و مسلمانان مقیم نیویورك و اصحاب مطبوعات بینالمللی از ایشان و فعالیتهای ایشان برای تبیین شرایط انقلاب اسلامی، جنگ تحمیلی و سیاستهای استكبار جهانی در قبال ایران بود. همچنین امامت نماز جمعه مسلمانان نیویورك و سخنرانی در خطبههای آن نیز از نكات جالب و با اهمیت این سفر بود.
در پی اختلافات مجلس شورای اسلامی و شورای نگهبان در تصویب لوایح مختلف، امام خمینی در پاسخ به نامه سران کشور (از جمله آیتالله خامنهای)، در ۱۷ بهمن ۱۳۶۶ با تشکیل مجمع تشخیص مصلحت موافقت کردند.
بر این اساس، آیتالله خامنهای اولین رئیس مجمع تشخیص منصوب شد.ایشان این سمت را تا پایان دوره ریاست جمهوری به عهدهدشت بود.
آیتالله خامنهای در دوران هشتساله ریاست جمهوری خود، همچون سالهای پس از پیروزی انقلاب یکی از نزدیکان، مشاوران و افراد مورد وثوق امام خمینی بود. به همین دلیل در موارد متعددی امام خمینی مأموریتهایی فراتر از وظایف ریاست جمهوری به ایشان محول نمودند و یا پیشنهادهای وی را در موضوعات مختلف پذیرفتند.
ایشان طی هفت سال از مجموع هشت سال دوران ریاست جمهوری خود که مقارن با جنگ بود، بخش زیادی از مذاکرات خارجی خود را به مذاکره با هیئتهای حسننیت صلح که از سوی سازمانهای بینالمللی، اسلامی و منطقهای و یا با شخصیتهای مهم بینالمللی و منطقهای که مأموریت میانجیگری داشتند، اختصاص دادند.
ایشان در دوره ریاست جمهوری به دلیل مخالفت امام خمینی با حضور وی در جبهههای جنگ، به برخی حضورها و بازدیدهای محدود اکتفا کردند اما در مقطع پایانی جنگ و پس از قبول قطعنامه وضعیت وخیم جبههها ایشان را ناگزیر کرد پس از کسب موافقت امام خمینی برای ایجاد تحولی عظیم به جبههها رهسپار شود.
آیتالله خامنهای در دوره ریاست جمهوری رئیس شورای عالی پشتیبانی جنگ بود. این شورا به دلیل شرایط خاص جنگ در سال ۱۳۶۵ و به منظور بهکارگیری هرچه بهتر امکانات کشور در خدمت جنگ و انجام اقدامات مؤثر در بسیج نیروها و امکانات برای رفع نیازمندیهای جبهههای جنگ تشکیل شد. . امام خمینی در پاسخ به استعلام ایشان در ۱۹ بهمن ۱۳۶۶ مصوبات آن شورا را تا پایان جنگ لازمالاجرا اعلام کرد.
در تابستان ۱۳۶۷ و در آخرین سال ریاست جمهوری آیتالله خامنهای، و با پذیرش قطعنامه ۵۹۸ توسط ایران جنگ عراق با ایران به پایان رسید. پس از پذیرش قطعنامه ۵۹۸ از سوی حضرت امام خمینی (ره) و پیش از اعلام رسمی آن، جلسهای به ریاست آیتالله خامنهای و با حضور مسؤولان عالیرتبه نظام برای تبیین عوامل و دلایل پذیرش قطعنامه از سوی امام برگزار گردید..
به دنبال این تصمیم، آیتالله خامنهای به عنوان رئیسجمهور در نامهای در تاریخ ۲۷ تیر ۱۳۶۷ به دبیرکل وقت سازمان ملل متحد، خاویر پرز دکوئیار، پذیرش قطعنامه ۵۹۸ سازمان ملل از سوی ایران را اعلام کرد.
اول اسفند 1367 آیت الله خامنه ای به یوگسلاوی و نیز از رومانی دیدن کرد. از همان جا مقدمات سفر به بوسنی مهیا شد و ایشان از سارایوو دیدن کردند.مردم سونی گروه گروه جمع می شدند و تحت تاثیر شوق و روحیه اسلامی، اشک می ریختند و کف می زدند
امام خمینی در حکمی در ۴ اردیبهشت ۱۳۶۸ خطاب به آیتالله خامنهای هیئتی متشکل از بیست نفر از جمله ایشان را تعیین نمودند تا به همراه پنج نفر از نمایندگان مجلس شورای اسلامی به انتخاب مجلس شورای اسلامی، شورای بازنگری قانون اساسی را تشکیل داده و به اصلاح، بازنگری و تکمیل قانون اساسی در موضوعات پنجگانه بپردازند.
پس از تشکیل شورای مذکور آیتالله مشکینی به عنوان رئیس و آیتالله خامنهای و اکبر هاشمی رفسنجانی به عنوان نایب رئیس اول و دوم شورا انتخاب شدند. شورا در طول چهل و یک جلسه در مورد پنج موضوع اصلی: شرایط رهبری، تمرکز در قوای مجریه و قضائیه، تمرکز در مدیریت صدا و سیما، چگونگی بازنگری احتمالی قانون اساسی در آینده و تعداد نمایندگان مجلس شورای اسلامی بحث و بررسی و تصمیمگیری نمود. این جلسات تا پس از رحلت امام خمینی ادامه داشت.
18 اردیبهشت ماه 1368 ایشان عازم سفر ده روزه به چین و کره شمالی شدند و در 19 اردیبهشت در مراسم رسمی مقامات چینی از رئیس جمهور استقبال کردند.تلویزیون چین فیلمی از زندگی آیت الله خامنه ای پخش کرد. ایشان با رهبر و نخست وزیر چین ملاقات کرد.
در کره شمالی با کیم ایل سونگ رئیس جمهور کره شمالی دیدار کرد و برای مردم کره هم سخنرانی کرد.
دوم خرداد 1368 به دنبال وخامت حال امام عمل جراحی انجام شد. روز 13 خرداد نزدیک به غروب بود که امام در حال احتضار بودند. آیت الله خامنه ای ، آیت الله موسوی اردبیلی، آیت الله مشکینی، آیت الله امینی و دوستان شورای نگهبان در بیت امام در حال گفتگو بودند که بعد از امام چه باید کرد که حاج احمد آقا خبر داد که امام وفات کردند.
و بدین گونه روح بلند رهبر آزادگان جهان حضرت آیت الله العظمی سید روح الله موسوی خمینی روز شنبه 13 خرداد 1368 ساعت 22:23 در سن 86 سالگی به دلیل ایست قلبی در بیمارستان قلب تهران به لقاء الله پیوست و جهانی را داغدار کرد.
رهبری انقلاب در نظر عده ای یک جایگاه غیر رسمی و منحصر به امام خمینی بود که پس از روشن شدن تکلیف قاون اساسی . معین شدن ساختار قدرت و جایگاه های حقوقی، تبدیل به یک جایگاه تشریفاتی می شد و با رحلت امام به کلی از بین می رفت.
در حالی که همه اقدامات امام خمینی به تصریح خودشان از منظر ولایت شرعی بود و منحصر به شخص امام خمینی نبود و باید سازوکاری برای تداوم مسئله ولایت در نظام جمهوری اسلامی طراحی می شد.
و بدین صورت اصل ولایت فقیه در قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران طی مرداد و شهریور ۱۳۵۸ توسط مجلس خبرگان قانون اساسی بررسی و در اصول ۵ و ۱۰۷ تصویب شد.
دهم مرداد 1361 علی اکبر ناطق نوری وزیر وقت کشور اعلام کرد که مقدمات کار انتخابات مجلس خبرگان انجام شده است.انتخابات در نوزدهم آذرماه 1361 برگزار شد و 83 نفر به عنوان اعضای این مجلس انتخاب شدند.
اعضای این مجلس بعد از بررسی و تحقیق و تفحص آیت الله حسینعلی منتظری را عنوان رهبر آینده جمهوری اسلامی ایران انتخاب کرد. اقدام خبرگان یک تصمیم داخلی بود با این حال این خبر روز دوم آذر ماه 1364 به نقل از آقای باریک بین عضو خبرگان و امام جمعه قزوین در صفحه نخست روزنامه کیهان منتشر شد.
یک سال پس از انتخاب آیتالله منتظری به قائم مقام رهبری، سید مهدی هاشمی، برادر داماد او به دلیل جرایم امنیتی دستگیر شد. اعتراض منتظری به دستگیری هاشمی و همچنین اعدام برخی از زندانیان سیاسی که اکثراً از منافقین بودند، در تابستان سال ۱۳۶۷ش و نامهنگاریها و برخی سخنرانیهای انتقادی او موجب اختلافات آیت الله منتظری و نظام شد.
امام خمینی در تاریخ ششم فروردین 1368 در نامه شدید اللحنی خطاب به آیت الله منتظری عدم صلاحیت وی برای رهبری آینده را اعلام کرد.
شب رحلت امام، آیت الله خامنه ای و آقایان موسوی اردبیلی، مشکینی، هاشمی رفسنجانی، ابراهیم امینی و دیگران در جماران حضور داشتند. چند نفر مامور شدند شبانه اعضای خبرگان را به تهران دعوت کنند. درباره افرادی که صلاحیت رهبری داشتند نیز بحث هایی صورت گرفت.
اعضای خبرگان شبانه از شهرستان ها به سمت تهران حرکت کردند و ساعت 9:30 صبح یکشنبه چهاردهم خرداد 1368 اجلاسیه فوق العاده مجلس خبرگان رهبری رسمیت یافت.در این جلسه علاوه بر اعضای خبرگان،نمایندگان مجلس، اعضای هیئت دولت، اعضای شورای نگهبان، اعضای شورای عالی قضایی و ائمه جمعه نیز حضور داشتند.
وصیتنامه سیاسی الهی حضرت امام حاوی عصاره اندیشهها ، آرمانها و تجربیات این عارف روحانی و پیر خردمند عرصه سیاست و بنیانگذار نظام جمهوری اسلامی توسط آیتالله خامنهای قرائت گردید
جلسه بعدازظهر خبرگان رهبری به ریاست آیتالله مشکینی و با حضور اکثریت اعضای آن رسمیت یافت. در ابتدای این جلسه ، علیرغم آن که آیتالله منتظری پس از عتاب حضرت امام، با ارسال نامه مورخ 68/1/7 رسماً استعفای خود از قائممقام رهبری را اعلام داشته و حضرت امام نیز طی جوابیهای به تاریخ 68/1/8، از این اقدام استقبال کرده و آن را پذیرفته بودند، اعضای خبرگان به منظور مرتفع ساختن هرگونه شائبهای در این زمینه، طی یک رأیگیری، استعفا و برکناری مشارالیه از این مسئولیت را به رسمیت شناختند و آنگاه وارد شور برای تصمیمگیری درباره ولایت امر و رهبری نظام گردیدند.
این نکته را باید در نظر داشت که جلسه مزبوردر حالی برگزار گردید که شورای بازنگری قانون اساسی مصوب 1358 مشغول بحث و بررسی بر روی تعدادی از اصول این قانون از جمله اصول 5، 107، 109 مربوط به ویژگیها و مشخصات رهبری نظام بود. در اصل پنجم قانون اساسی مصوب 1358، رهبری «فردی» یا «شورایی» نظام توسط فقیه یا فقهای عادل و با تقوا، آگاه به زمان، شجاع، مدیر و مدبر به رسمیت شناخته شده بود و طبق اصول یکصد و هفتم و یکصد و نهم آن قانون، برخورداری از «صلاحیت مرجعیت و رهبری» و نیز «صلاحیت علمی و تقوایی لازم برای افتاء و مرجعیت» به عنوان شرط لازم برای رهبر عنوان گردید، بود.
پیرو پاسخ حضرت امام به نامه آیت الله مشکینی در تاریخ 68/2/9 مبنی بر عدم ضرورت شرط مرجعیت برای ولایت امر و رهبری نظام، از سوی اعضای شورای بازنگری قانون اساسی، نه فقط یک توصیه حکیمانه و دوراندیشانه بلکه به مثابه یک حکم حکومتی تلقی گشت و بر همین مبنا نیز در کمیسیون بررسی و اصلاح اصول مربوط به رهبری، شرط مرجعیت بالفعل برای تصدی مسئولیت رهبری حذف و به جای آن بر «صلاحیت افتاء» تأکید شد.
در ادامه مسأله انتخاب «رهبر» یا «شورای رهبری» مطرح شد و موافقان استمرار رهبری نظام به صورت فردی، بعضاً به معرفی مصادیقی بدین منظور میپردازند که اگر چه از شخصیتهای برجسته روحانی و قابل احترام از سوی همگان بودند -از جمله آیت الله العظمی سید محمد رضا گلپایگانی؛ اما غالب اعضای خبرگان با تصدی مسئولیت خطیر و پیچیده رهبری نظام از سوی این شخصیتها موافقت نداشتند.
در مقابل، دیدگاه موافقان تشکیل «شورای رهبری» -که آیت الله خامنهای نیز در این طیف قرار داشت- با انتقادات جدی مواجه میگردد که از یک سو مبتنی بر طرح اشکالات منطقی و اصولی بر آن بود و از سوی دیگر، از تجربیات ناموفق یک دهه گذشته در زمینه «مسئولیتهای شورایی» بهره میگرفت و تبعات ناشی از شکلگیری چنین شورایی را گوشزد میکرد.
اما فارغ از این دو نظریه، نکته جالب توجه آن که در کلیه پیشنهادهای ارائه شده برای ترکیب اعضای شورای رهبری، نام آیت الله خامنهای نیز به چشم میخورد و حتی هنگامی که آیتالله آذری قمی از طرفداران نظریه رهبری فردی، آیت الله العظمی گلپایگانی را به عنوان رهبر معرفی مینماید، بر این نکته تأکید میورزد که آیت الله خامنهای معاونت ایشان را بر عهده داشته باشد.
اکثریت خبرگان نظر موافق خود را با انتخاب یک فرد به عنوان رهبر نظام در یک رأیگیری اعلام میدارند و بلافاصله یافتن مصداق رهبری در دستور کار قرار میگیرد و این بار، بیشتر از قبل نگاهها متوجه آیت الله خامنهای میگردد.
در همین حال، درخواست آیت الله محسن مجتهد شبستری از آیت الله هاشمی رفسنجانی، نائب رئیس مجلس خبرگان، برای بیان آنچه ایشان از امام خمینی راجع به شایستگی آیت الله العظمی خامنهای برای رهبری نظام شنیده است، توجه همگان را به خود جلب میکند!
آیت الله هاشمی رفسنجانی با بیان این که امام خمینی یک بار در جمع رؤسای سه قوه با حضور حاج سید احمد آقا و یک بار در گفتگوی دو طرفه با ایشان، بر شخص آیتالله خامنهای به عنوان فرد شایسته رهبری تأکید کردهاند، اعضای خبرگان را از نظر رهبر فقید خود مطلع میسازد و آیتالله موسوی اردبیلی که در جلسه مزبور حاضر بوده است نیز بر صحت این نقل قول شهادت میدهد.
از سوی دیگر نقل قول این مطلب از حاج سید احمد خمینی که امام خمینی به هنگام سفر اخیر آیت الله خامنهای به کره شمالی و مشاهده تصویر ایشان از تلویزیون بر شایستگی ایشان برای رهبری تأکید ورزیدهاند، این واقعیت برای اعضای خبرگان روشن میگردد که حضرت امام تا آخرین روزها بر این نظر خود ثابت بودهاند و با تکرار آن به مناسبتهای مختلف قصد تثبیت نظر خاص خود را در ذهن نزدیکانشان داشتهاند.
با به میان آمدن نام آیت الله خامنهای به عنوان رهبری نظام، ایشان تلاش میکنند تا نگاهها را از خود منصرف و به سوی دیگری معطوف دارند که این نیز به دلیل شناخت اعضای خبرگان از ایشان، مؤثر واقع نمیشود.
سپس ایشان با طرح سؤالی خاص در صدد برانگیختن واکنشی در قبال خویش بر میآید و لذا با قاطعیت از آیت الله آذری قمی که مؤکداً بر انتخاب ایشان به رهبری اصرار داشت، میپرسند چنانچه من رهبر شوم و حکمی کنم، شما تبعیت میکنید؟ پاسخ آیت الله آذری قمی به این سؤال که تبعیت از حکم ولی امر را بر خود واجب میشمارد، همه راهها را بر آیت الله خامنهای بست و ایشان در نهایت با اعلام مخالفت خویش با این انتخاب، تریبون را ترک مینمایند.
دقایقی پس از این، یعنی در تاریخ 14 خرداد 1368 خبرگان با اکثریت قریب به اتفاق آرا، آیتالله خامنهای را به رهبری نظام برگزیده و مسئولیت سنگین ولایت امر را بر دوش ایشان میگذارند.
روایت آن روزها از نگاه آیت الله خامنهای:
مکرر از من به عنوان عضو شورای رهبری اسم میآوردند، که البته در ذهن خودم آن را رد میکردم، اگر چه به نحو یک احتمال برایم مطرح میشد که شاید واقعاً این مسئولیت را به من متوجه کنند. در همان موقع به خدا پناه بردم و روز شنبه قبل از تشکیل مجلس خبرگان، با تضرع و توجه و التماس، به خدای متعال عرض کردم: پروردگارا، تو که مدبر و مقدر امور هستی، چون ممکن است به عنوان عضوی از مجموعه شورای رهبری، این مسئولیت متوجه من شود، خواهش میکنم اگر این کار ممکن است اندکی برای دین و آخرت من زیان داشته باشد ، طوری ترتیب کار را بده که چنین وضعیتی پیش نیاید. واقعاً از ته دل میخواستم که این مسئولیت متوجه من نشود.
بالأخره در مجلس خبرگان بحثهایی پیش آمد و حرفهایی زده شد که نهایتاً به این انتخاب منتهی شد. در همان مجلس، کوشش و تلاش و استدلال و بحث کردم، تا این کار انجام نگیرد، ولی انجام گرفت و این مرحله گذشت. من همین الآن خودم را یک طلبه معمولی و بدون برجستگی و امتیازی خاص میدانم، اما حالا که این بار را روی دوش من گذاشتند، با قوت خواهم گرفت؛ آن چنان که خدای متعال به پیامبرانش توصیه فرمود : «خذها بقوه.
برای این مسئولیت، از خدا استمداد کردم و باز هم استمداد میکنم و هر لحظه و هر آن ، در حال استمداد از پروردگار هستم تا بتوانم این مسئولیت را در حد وسع خودم با قدرت و قوت و حفظ شأن والای این مقام ، حفظ کنم و انجام بدهم.
تدریس دروس حوزوی یکی از برنامه های مستمر آیت الله خامنه ای بود.اولین تدریس ایشان کتاب امثله یا صرف میر بود که برای دو شاگرد بزرگ سال از روضه خوان های مشهد آغاز کرد. تا سال 1337 که در مشهد بود کتابهایی از صرف، نحو، معانی ، بیان، فقه و اصول را تدریس کرد.
در قم نیز در کنار برنامه های درسی تدریس می کرد.پس از بازگشت از قم به مشهد(1343 ) تدریس یکی از برنامه های اصلی ایشان بود و تا سال 1356 سطوح عالیه و تفسیر و عقاید را تدریس می کرد.
وی در مشهد تدریس سطوح عالی فقه و اصول را با کتاب رسائل شیخ انصاری آغاز و سپس با کتابهای مکاسب و کفایه ادامه داد.
آیت الله خامنه ای در سال های پیش از پیروزی انقلاب اسلامی در حوزه علمیه مشهد به تدریس سطوح عالی فقه و اصول اشتغال داشت و بعدها به علت تبعید به ایرانشهر و جیرفت و سپس پیروزی انقلاب اسلامی و بر عهده گرفتن مسدولیتهای سنگین از تدریس علم فقه بازماند.
پس از قرار گرفتن در جایگاه رهبری مجددا برنامه تردیس خود را آغاز کرد و از شهریور 1368 به تدریس خارج فقه در حوزه علمیه تهران همت گذاشت.ایشان در این مدت توانستند بخش هایی از فقه اسلامی مانند مباحث مربوط به جهاد، قصاص و مکاسب محرمه را تدریس کند.
درس خارج ایشان در حسینیه امام خمینی و در روزهای یکشنبه، دوشنبه و سه شنبه هر هفته با حضور قابل توجهی از فضلا تشکیل می شد.
یکی از فعالیتهای مهم فقهی آیت الله خامنه ای که اندکی پیش از تصدی مقام رهبری به آن اشتغال یافتند، تشکیل شورای فقهی افتا و شرکت فعالانه در آن است.
در این شورا جمعی از مجتهدان همراه با ایشان به ثحب و بررسی اجتهادی درباره مسائل فقهی به ویژه مسائل نو ظهور و مورد ابتلای نظام اسلامی می پرداختند.
این جلسه به صورت هفتگی در تهران و با حضور ایشان، فقهای شورای نگهبان، رئیس دستگاه قضایی و بعضی دیگر از مجتهدان و مدرسین برگزار می شد.
از جمله شخصیتهای شرکت کننده در این شورا می توان نام این افراد را ذکر کرد: حضرات آیات سید محمود شاهرودی، محمد مؤمن، محمد یزدی، محمد رضا مهدوی کنی، سید جعفر کریمی، ابوالقاسم خزعلی، محمد امامی کاشانی، احمد جنتی، غلام رضا رضوانی و صادق لاریجانی.
: علاوه بر تائید شایستگی آیت الله خامنه ای برای تصدی مقام رهبری از سوی امام خمینی که ملازم تائید مقام اجتهاد ایشان است، حجت الاسلام سید احمد خمینی و خانم زهرا مصطفوی دو تن از فرزندان امام نیز به صورت جداگانه تائید اجتهاد آیت الله خامنه ای توسط امام خمینی را نقل کرده اند.
حجت الاسلام سید احمد خمینی:
امام خمینی بارها از جنابعالی به عنوان مجتهدی مسلم نام بردند.
خانم زهرا مصطفوی به نقل از امام خمینی می گوید: آقای خامنه ای اجتهادی را که برای ولی فقیه لازم است دارد.
حضرات آیات محمد فاضل لنکرانی، علی مشکینی، جوادی آملی، ابراهیم امینی، یوسف صانعی ، اکبر هاشمی رفسنجانی،محمد مؤمن،سید عباس خاتم یزدی، محمد واعظ زاده خراسانی، محمد یزدی، سید جعفر کریمی، سید محمود هاشمی شاهرودی،محمد تقی مصباح یزدی ، شهید محمد صدوقی و علمای دیگر مرتبه فقهی و اجتهاد آیت الله خامنه ای را مسلم الثبوت می دانند.
با ارتحال آیت الله العظمی شیخ محمد علی اراکی در آذر 1373، آیت الله خامنه ای از سوی بعضی مجامع حوزوی به عنوان یکی از مراجع تقلید به جامعه شیعیان معرفی شد. جامعه مدرسی حوزه علمیه قم با صدور بیانیه ای در تاریخ 11 آذر 1373 و با امضای آیت الله علی مشکینی، هفت نفر از مجتهدان از جمله آیت الله خامنه ای را به عنوان مرجع تقلید به مردم معرفی کرد.
آیت الله خامنه ای در آن دوران ششمین سال رهبری خود را می گذراند برای احترام به فقهای حاضر در حوزه و نیز اشتغال های سنگین خود، تنها مرجعیت مردم خارج از ایران را پذیرفت.مدتی بعد مجموعه ای از فتاوای ایشان در قالب سوال و جواب در کتابی بنام اجوبة الاستفتائات به زبان عربی منتشر شد. در سال 1379 آیت الله خامنه ای با ترجمه کتاب به زبان فارسی موافقت کرد و کتاب با عنوان ترجمه رساله اجوبة الاستفتائاتبه به بازار ایران راه یافت.
صبح روز پانزدهم خرداد 1368 اطلاعیه مجلس خبرگان، رهبر جدید را به مردم معرفی کرد.انتخاب آیت الله خامنه ای تاثیر مثبتی داشت و آرامشی به دنیا و منطقه داد و دشمنان را مایوس کرد.
بسیاری از رسانه های خاریج پیش از انتخاب رهبر جدید ، درگیری و کشمکش شدید در ایران را پیشبینی می کردند اما در ایران همه چیز در نهایت آرامش بود.
در 16 خرداد 1368 نخست وزیر و هیئت وزیران با رهبر جدید بیعت کردند.حجت الاسلام احمد خمینی فرزند امام خمینی از جان و دل از موازین انقلاب و شخص رهبری دفاع کرد تا جایی که دو روز بعد از رحلت امام در جماران دست بر روی قرآن گذاشت و گفت: به این قرآن قسم! نظر امام نسبت به اجتهاد آقای خامنه ای و شایستگی ایشان چنین است.
علماء، مراجع و حوزه علمیه قم چالشی برای پذیرش رهبری آیت الله خامنه ای نداشتند. نماینده آیت الله محمد علی اراکی برای تائید رهبری آمده بود. آیت مرعشی نجفی، آیت الله میرزا هاشم آملی و تعداد زیادی از علمای قم در تائید رهبری نامه یا اطلاعیه دادند.
28 تیر ماه 1368 آیت الله مشکینی به رهبری نامه نوشت که کار اصلاح قانون اساسی به پایان رسیده و آماده همه پرسی است. رهبری دستور برگزاری رفراندوم را به دولت داد . یکی از تغییرات مهم در قانون اساسی تبدیل نظام اداره کشور از پارلمانی و نخست وزیری به ریاستی بود. 6 مرداد 1368 انتخابات ریاست جمهوری و همه پرسی باهم انجام شد.
حجت الاسلام و المسلمین هاشمی رفسنجانی با کسب 94.38 درصد آرا به عنوان چهارمین رئیس جمهوری ایران انتخاب شد.12 مرداد 1368 رهبری حکم ریاست جمهوری آقای هاشمی رفسنجانی را تنفیذ کرد.
آیت الله خامنه ای به احترام امام خمینی، جماران را به عنوان مقر رهبری نپذیرفت. اردوگاه باهنر در شمال شهر پیشنهاد دیگری بود اما رهبری گفت که می خواهد در مرکز شهر باشد. رهبری همچنان در ساختمان ریاست جمهوری مستقر بود ولی پس از برگزاری انتخابات ، رهبری باید محل استقرارش را به رئیس جمهور جدید می سپرد.
در نزدیکی محل ریاست جمهوری ملکی متعلق به خانواده نظام مافی بود که با رضایت مالک خریداری شد. این ملک چهار ساختمان داشت. یکی را برای سکونت رهبری برگزیدند. در کنار ساختمانی که رهبری مستقر بود زمین بزرگی بود که حسینیه ای بنام امام خمینی در آن جا ساختند و بعد از آن دیدارهای رهبری در آنجا می شد.
حجت الاسلام محمدی گلپایگانی که در عقیدتی سیاسی ارتش بود به عنوان رئیس دفتر رهبری انتخاب شد.گروه مشاوری هم متشکل از آقایان ناطق نوری، باهنر، خاتمی، موسوی خوئینی ها و هاشم رفسنجانی تشکیل شد که به رهبری مشاوره می دادند که به تدریج با شکل گرفتن تشکیلات رهبری نقش گروه مشاور کمرنگ شد.
حجت الاسلام ناطق نوری به عنوان رئیس بازرسی دفتر رهبری انتخاب شد. در 24 مرداد ماه رهبری ، حجت الاسلام محمد یزدی را به ریاست قوه قضائیه منصوب کرد.بعد از ریاست جمهوری آقای هاشمی رفسنجانی، مهدی کروبی رئیس مجلس سوم شد.
زمزمه هایی از برقراری ارتباط با آمریکا به گوش می خورد و حتی برخی طی نامه به رهبر انقلاب خواستار برنامه ریزی جهت عادی سازی رابطه با آمریکا شدند. آیت الله خامنه ای برای اولین بار در 22 شهریور 1368 به طور مفصل به مسئله دشمنی با آمریکا پرداخت:
مردم شعار مرگ بر آمریکا را هرگز از زبان نینداخته اند ولی در طول این چند سال یک عده مردم و مسئولان نظام و رهبر فقیدمان را نصیحت می کردند که شما چرا بی خود با آمریکا مبارزه می کنید؟ این هم از همان جاهایی است که مردم ماهیت آن را فهمیده اند اما بعضی از خواص نفهمیده اند.
مدتی بعد یکی از اعضای دولت در مقاله ای پیشنهاد مذاکره با آمریکا را داد و فردای آن روز آیت الله خامنه ای به شدت علیه موضوع مذاکره با آمریکا سخن گفت:
مذاکره یعنی چه؟صرف این که شما با آمریکا مذاکره کنید، مشکلات حل می شود؟ این طوری نیست. آمریکا به قدم های اول قانع نمی شود . به تدریج چیزهای بیشتری می خواهد.
پس از رحلت امام خمینی، آیت الله خامنه ای با مبارزین حزب الله و جنبش امل روابط گرم و صمیمی داشت.25 تیرماه1368 تعدادی از رهبران فلسطینی و لبنانی به دیدار رهبری آمدند.شیخ شمس الدین نائب رئیس مجلس اعلای شیعیان لبنان، رهبران حزب الله و نبیه بری رهبر جنبش امل با وی بیعت کردند.
اما در زمستان 1368 خبر درگیری دو گروه شیعه لبنان یعنی جنبش امل و حزب الله دوباره آغاز شد.12 دی ماه آیت الله خامنه ای با جمعی از مبارزان لبنانی دیدار کرد و از این درگیری گله کرد. رهبری معتقد بود که درگیری ها نباید حتی چند روز طول بکشد. سوم دی ماه 68 علی محمد بشارتی قائم مقام وزارت خارجه پیامی از رهبر ایران برای طرفین دیگری به دمشق برد. سخنان رهبری در دیدار مبارزین لبنانی که به لبنان رسید، حزب الله به صورت یک جانبه اعلام آتش بس کرد.
دهم بهمن ماه 1368 در جلسه هیئت رئیسه خبرگان بحث شد که آیین نامه انتخابات به نحوی اصلاح شود که افراد باسوادتری به مجلس خبرگان راه یابند. از شرایط نامزدهای این انتخابات اجتهاد در علوم دینی بود. شورای نگهبان تصمیم داشت برای تشخیص اجتهاد نامزدها از آن ها آزمون علمی بگیرد. تصمیمی که با چالش هایی روبرو شد.
برخی افراد از رهبری انتظار داشتند که در تائید صلاحیت ها دخالت کند. آیت الله خامنه ای درباره اعضای شورای نگهبان گفت: آقایانی که امروز عضو فقهای شورای نگهبان هستند شخصیتهای برجسته و مورد قبولی اند که منصوبان امام خمینی هستند. شورای نگهبان ضامن حقانیت نظام اسلامی است و تضعیف آن به هیچ وجه روا نیست.
آیت الله خامنه ای تاکید کرد که وی همانند امام خمینی مقید به قانون است و دخالت در امور دستگاه ها به هیچ وجه درست نیست. انتخابات خبرگان در مهرماه 1369 برگزار شد.
در آخرین ماه سال 1370 آیت الله خامنه ای به قم سفر کرد و علاوه بر بازدید از فیضیه با علما و از جمله آیت الله العظمی محمد رضا گلپایگانی نیز دیدار کرد. علاوه بر این علما و مراجع تقلید ، آیات صافی گلپایگانی، نوری همدانی، مکارم شیرازی، جوادی آملی، سبحانی، شبیری زنجانی وشاهرودی به دیدار رهبر انقلاب آمدند.
فرزندان مراجع بزرگ درگذشته که خود ار علمای شناخته شده قم هستند نیز به دیدار رهبری آمدند: آیت الله میلانی نوه آیت الله محمد هادی میلانی،نوه آیت الله حسین بروجردی،، فرزند آیت الله حسین شاهرودی و فرزندان آیت الله گلپایگانی.در این جلسات از گفتگوهای فقه و اصولی هست تا خاطره گویی و حال و احوالات صمیمانه.